최근 조세심판원에서는 부가가치세법상 부동산 임대업을 하고 있는 사업자라면 주택임대업을 등록하지 않았다는 이유로 종합부동산세 과세표준에 합산함은 부당하다는 결정이 나왔다<2008서0350, 2008. 6. 4>.
심판원에 따르면 A씨는 2006년 귀속 종합부동산세를 신고할 당시 소유하고 있던 주택을 임대주택으로 보아 종합부동산세 과세표준에서 합산배제한 후, 결정세액을 신고·납부했다.
하지만 처분청은 합산배제 임대주택에 해당하기 위해서는 과세기준일 현재 임대사업자 등록이 돼 있어야 하는데 요건을 갖추지 못하였으므로 과세표준에 합산해 과세해야 한다면서 종합부동산세와 농어촌특별세를 결정·고지했다.
이에 대해 심판원은 결정문을 통해 “부동산임대업으로 사업자등록이 되어 있는 경우 주택 임대업을 부업종으로 추가등록하지 않더라도 소득세법상 면세사업자 등록을 한 것으로 본다”면서 “종합부동산세법 시행력 제3조 제3항에서 합산배제 임대주택 요건으로 주택임대업 사업자등록을 하는 경우로 규정하고 있지 않다”고 전제했다.
또 “A씨가 동일한 사업장인 전체 주택에서 실제 과세사업인 상가임대업 뿐만 아니라 면세사업인 주택임대업을 함께 영위한 점이 확인된다”면서 “주택임대업을 추가 등록하지 않았더라도 합산배제 요건을 충족하므로 처분청이 주택을 청구인의 종합부동산세 과세표준에 합산한 처분은 잘못”이라고 판단했다.
세무사신문 제486호(2008. 6. 16)