최근 조세심판원에서는 재건축사업 시행기간 중 취득했던 대체주택이 고가주택이라 하더라도 양도당시 1세대1주택 비과세요건을 충족했다면 이를 적용해 세금을 부과해야한다는 결정이 나왔다<2008서2973, 2009. 1. 19>.

심판원에 따르면 A씨는 지난 2007. 7. 3 10억9000만원에 주택을 양도하면서 이 주택이 1세대1주택 비과세대상인 재건축사업시행기간 중 취득한 대체주택으로 보고 6억원 초과분에 대한 양도소득세를 신고했다.

처분청은 1세대2주택으로 보아 장기보유특별공제를 배제해 양도소득세를 추가 경정고지 했다.

그러나 A씨는 이에 불복해 심판청구를 제기했다. 또한 이와 별도로 이 주택이 신축주택 양도소득세 감면대상에 해당한다고 하여 양도소득세 전액을 감면해 줄 것을 처분청에 시정요청했다.

그러자 처분청은 2008. 9. 8 이 주택이 조세특례제한법에 정한 양도소득세 과세특례가 적용되는 신축주택에 해당한다고 하여 양도소득세를 전액 감면해 재경정했다. 그러나 A씨가 주장한 1세대1주택 비과세 주장은 받아들여지지 않아 농어촌특별세를 경정고지했다.

이에 대해 조세심판원은 “A씨는 재건축사업시행기간 중 주택을 취득했고 이 주택에 1년이상 거주, 재건축주택 완성후 세대 전원이 1년 이내 이사 및 재건축주택에서 1년이상 거주했고, 재건축주택 완성 전 또는 완성 후 1년 이내 대체주택을 양도하는 등 비과세요건을 충족했다”면서 “A씨의 쟁점주택 양도에 대해 비과세 적용을 배제하고 양도소득세 산출세액 및 감면세액을 산출해 농어촌특별세를 부과한 처분은 잘못”이라고 판단했다.

세무사신문 제502호(2009.2.16)