일선 세무서들이 법적으로 세금 감면을 받을 수 없는 기업체에 대해 수백억원의 세금을 감면해준 것으로 감사원 감사에서 드러났다.
감사원은 5일 조세특례제도 운영실태 감사보고서에서 "서울 역삼세무서가 조세특례법상 조세특례 대상이 아닌 업종인 전자상거래업체인 A사를 세금감면업종인 창업중소(벤처)기업에 해당하는 것으로 잘못 해석해 2005-2008 사업연도까지 법인세 169억원을 감면해준 것을 적발했다"고 밝혔다.
감사원은 A사로부터 169억원을 추가 징수할 것을 역삼세무서에 통보했다.
감사원은 또한 "조세특례법상 합병, 분할, 현물출자 등 사업 양수를 통해 종전 사업을 이어받거나 자산인수 또는 매입을 하는 경우는 창업으로 보기 힘든데도 서울 금천세무서등 4개 세무서가 6개 법인의 법인세를 감면해줘 44억원을 징수하지 않았다"고 지적했다.
이번 감사에서 서울 강서세무서 등 37개 세무서는 관내 거주자 75명이 소유농지를 구 한국토지공사 등 공익사업 시행자에게 양도(수용)할 당시, 이미 다른 사람에게 위탁 경작을 하고 있어 양도세 감면요건에 해당되지 않는데도 양도소득세 42억원을 과세하지 않은 것으로 나타났다.