최근 조세심판원에서는 매입 관련 서류를 보관하고 있지 않더라도 계속 사업을 영위하고 있고 실지 결제 사실 내역이 있다면 세금계산서로 보아 매입세액 공제를 하는 것이 정당하다는 처분이 나왔다<조심 2009중1609, 2009. 12. 21>.
조세심판원에 따르면 A씨는 2003년 3월부터 갑 사업장명으로 지류 도소매업을 영위하면서 지난 2003∼2004년까지 을 상사로부터 세금계산서 13매를, 병실업으로부터 세금계산서 1매를 수취하고 부가가치세 신고시 매입세액을 공제했다.
그러나 도봉세무서와 동대문세무서는 을·병 사업장에 대해 세무조사를 실시해 실물재화 공급없이 세금계산서를 교부한 자료상으로 확정하고 처분청에 통보했다.
그러자 처분청은 A씨에게 을·병 사업장에서 받은 세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아 매입세액을 불공제해 2009년 3월 부가가치세를 경정·고지했다.
A씨는 이에 불복해 심판청구를 제기했다.
이에 대해 심판원은 결정문을 통해 “A씨는 B씨로부터 을사업장의 실제운영자 C씨를 소개 받아 거래가 이루어진 사실을 B씨의 거래확인서로 알 수 있으며, 대금은 A씨가 가계수표와 C씨 계좌로 결재한 사실이 나타나 있다”고 밝히면서 “A씨의 예금거래실적증명서에서도 을·병 사업장에 결재한 내역을 확인할 수 있다”고 했다.
또한 “을 사업장에 대한 조세처벌법 고발사건이 무혐의 처리됐다”고 덧붙였다.
그러므로 심판원은 “A씨가 동일한 장소에서 계속해 지류 도·소매업을 영위하고 있는 계속사업자이고, 을·병 사업자에게 결제한 내역이 자료로 나타난다”면서 아울러 “처분청 경정결정에 따르면 당시 부가가치율이 크게 높아진다”며 “A씨가 실지거래한 사실을 부인하기 어렵다”고 판단, “을·병의 세금계산서를 매입세액 불공제한 것은 잘못있다”고 결정했다.
세무사신문 제523호 (2010.01.02)