2026년 10월 28일
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 [조회: 3999]
2010년 제2기 확정 부가가치세신고시 유의사항

       한 장 석
 홍보상담위원회

 전문세무상담위원

 

(1) 기본사항 검토

◈ 세금계산서합계표 분석

1. 고정거래처와 월합계세금계산서 발행분 매수는 확인하였는가?
○ 신고기간별 3매(3개월분) 또는 6매(6개월분)인지 여부(고정거래처와 거래 및 임대료 등)

 

2. 매출액 및 매입액의 변동추세를 분석하였는가?
○ 다음과 같은 위장 가공혐의가 짙은 거래 유형을 살펴보아야 한다.
 - 소수거래처에 집중적인 고액거래 발생 여부
 - 일시적 단기간 거래의 집중발생 여부
 - 고정거래처가 아닌 자와의 고액거래
 - 매입과 매출이 동시에 발생하는 거래
 - 취급업종과 무관한 품목의 거래
 - 원거리 사업자와의 거래
 - 거래횟수는 적으면서 거래금액이 일정단위로 표시되는 거래

 

3. FAX로 받은 세금계산서 중 마이너스(-)세금계산서의 유무는 확인하였는가?
○ 수기작성분은 적색이나 fax는 적색으로 나타나지 않음.
○ 전산작성분도 희미한 경우(-, △)여부 나타나지 않음.
따라서 확인 필요 

 

4. 거래처 사업자등록번호 및 공급가액의 기재는 정확한가?
○ 세금계산서불부합자료 발생 요인임
· 거래처 등록번호와 공급가액 오류, 누락
 → 가산세(매출), 매입세액 불공제(매입)
 *다만, 착오인 경우 배제
·기타 기재사항 오류, 누락
 → 가산세 적용 안되며, 매입세액 공제됨.

 

5. 면세사업자나 간이과세자로부터 교부 받은 세금계산서는 없는가?
○ 면세사업자 및 간이과세자분 매입세액 불공제

 

6. (-)세금계산서중 계약해제에 따른 세금계산서가 있는가?
 - 2007. 1. 1 이전 교부분을 수정하는 경우 → 계약해제일을 작성일자로 수정교부
 - 2007. 1. 1 이후 교부분을 수정하는 경우
 → 당초 작성일자로 수정하여 교부                               
 → 동일과세기간내 해제가 아닌 이상 반드시 수정신고나 경정청구를 해야됨

 

◈ 신용카드매출전표등 분석

1. 공급대가로 집계하였는가?
○ 공제란 : 신용카드는 공급대가(부가가치세 포함)로 집계
○ 매출란 : 공급가액으로 기재

 

2. 집계는 은행 결제일 기준인가 또는 발행일 기준인가?
○ 원칙:재화 또는 용역의 공급시기로 집계
○ 세무서에 통보되는 분은 발행일을 기준으로 통보됨.
* 6월말, 12월 말에 거래가 많은 사업자 특히 주의

 

3. 봉사료 구분의 적정성은 검토하였는가?
○ 음식숙박용역등의 경우 봉사료가 전체가액의 20%를 초과한 경우 원천징수를 해야 됨(5%)

 

4. 신용카드 결제분을 세금계산서 교부한 경우는 없는가?
○ 일반과세자는 신용카드 결제분에 대하여는 세금계산서를 교부할 수 없음.
[목욕, 이발, 미용실, 여객운송업(전세버스제외), 입장권발행사업자 제외 : 세금계산서를 교부할 수 없는 사업자임]
 
○ 신용카드와 세금계산서를 동시에 교부한 거래분에 대한 활용 방법은 다음을 참고

 

◈ 신용카드매출전표발행분 세금계산서 교부배제에 대한 신고방법
※ 신용카드결제분에 대하여 세금계산서를 교부하였다면 신용카드와 세금계산서에 ‘신용카드(세금계산서) 교부분’이라고 표시하여 세금계산서는 제출하고, 신용카드자료는 추후 세무서 자료소명시 활용

<사례1> 공급시기에 세금계산서를 교부 후 외상매출금을 신용카드로 결제한 경우
○ 공급자
- 세금계산서는 공급시기에 교부한 정당한 세금계산서이므로 신고시 매출처별세금계산서 합계표에 기재하여 제출
- 신용카드매출전표는 결제수단에 불과하므로 추후 과세관청의 소명요구에 대비하여 ‘○○년 ○○월 세금계산서 발행분’으로 기재하여 확정신고를 한날로부터 5년간 보관
○ 공급받는 자
- 세금계산서에 의하여 매입세액으로 공제 받음

<사례2>공급시기 도래전에 신용카드로 결제한 경우
공급시기 도래전에 그 대가의 전부 또는 일부를 지급받고 영수증을 교부한 경우 그 교부하는 때를 공급시기로 봄으로
○ 공급자
공급시기 이전에 신용카드로 결제한 분에 대하여는 세금계산서를 교부할 수 없으므로 신고시 ‘과세기타’란에 기재하여 신고
○ 공급받는자
신용카드매출전표수취명세서를 작성하여 매입세액 공제받음.

<사례3> 신용카드 결재분에 대하여 합계세금계산서 교부방법
○ 공급자
신용카드결재분에 대하여는 합계세금계산서 교부할 수 없음.
신용카드결재분이 아닌 나머지 가액에 대하여는 상대방 요구시 세금계산서 교부.
○ 공급받는 자
신용카드매출전표수취명세서를 작성하여 매입세액 공제받음.

<사례4>인터넷 등으로 매매 후 결제대행회사를 통한 신용카드 결제 시
○ 공급자
공급시기에 결재대행업체를 통한 신용카드결재분에 대하여 세금계산서를 교부할 수 없음.
○ 공급받는 자
신용카드매출전표를 출력 보관하고 있는 경우 매입세액공제 가능

 

(2) 과세표준 및 매출세액 분석

 

◈ 일반사항
1. 10% 과세분과 영세율 적용분은 구분기재하였는가?
○ 10% 적용분과 내국신용장(구매확인서)에 의한 영세율적용분 구분 기재

2. 주민등록기재분 세금계산서는 포함되었는가?
○ 소매매출은 매출분에 포함하나, 주민등록 기재분 누락하는 사례 빈번

3. 신용카드발행분 및 영수증발행분은 공급가액(공급대가÷1.1)으로 기재하였는가?
○ 공제란:신용카드는 공급대가(부가가치세 포함)로 집계
○ 매출란:공급가액 기재

 

◈ 영세율 검토
1. 영세율과세표준(외화환산)의 적정성
○ 공급시기 현재의 기준환율 또는 재정환율로 환산하였는가?
※ 수출의 경우 선적일은 선하증권(B/L)에 나타나며, 수출신고서상의 신고일은 세관수출신고일이고, 관세청 사이트상 일자는 출항일이므로 이 날짜를 적용하면 안됨

2. 내국신용장(구매확인서)
○ 공급시기가 속한 과세기간 종료일 20일 내에 개설 되었는가?
 → 이후에 사후개설된 경우 10% 세율적용
○ 동일과세기간 경과 후 20일내 사후 개설된 경우
 → 당초 세금계산서 작성일자로 수정세금계산서를 교부(신용장개설일자 아님)
※ 요즘 환급조사시 수정세금계산서 교부여부를 확인하는 사례가 증가하고 있으니 유의
 → 예정분이 확정신고기간에 사후개설된 경우에도 예정분에 대한 수정신고를 하지 않고 확정분 신고때 세금계산서 제출하면 됨.
○ 구매확인서의 기재사항(수출신용장 등 근거서류 및 그 번호, 선적기일)은 누락되지 않았는가?
 → 한가지라도 누락된 경우 내국신용장과 달리 영세율 적용이 배제됨에 유의.

 

3. 대행수출 검토
○ 대행계약서는 있는가?
○ 대행수수료는 세율10%를 적용하였는가?(영세율 적용대상 아님!)
○ 수출업자가 명의대여 무역업체에 수출금액에 대하여 세금계산서는 교부하지 않았는가?
 → 수출업자는 외국업자와 거래당사자이므로 세금계산서를 교부할 수 없음(대행수수료만 10%로 교부).

 

4. 수출물품을 하도급 준(받은) 경우
하도급업자가 주요자재를
○ 일부라도 부담하였는가?
 → 재화의 공급으로 봄으로 반드시 내국신용장(구매확인서)이 개설된 경우에만 영세율 적용
○ 전혀 부담하지 않음
 → 용역의 공급으로 봄으로 수출업자와 직접 도급계약만 체결하던지 내국신용장(구매확인서)이 개설된 경우이든 영세율 적용
 → 재하도급업자는 반드시 내국신용장(구매확인서)을 개설하여야 되며, 직접도급계약만 체결 시 적용받지 못함.

 

5. 국내에서 외국법인등에 공급 시(오파업 등)
○ 다음 사업에 해당하는가? ⇒ 다음 사업 이외에는 영세율 적용 안됨에 유의
- 비거주자 또는 외국법인이 지정하는 국내사업자에게 인도되는 재화로서 당해 사업자의 과세사업에 사용되는 재화
- 사업서비스업(표준산업분류 개정으로 검토사항 임)
- 금융 및 보험업 중 무형재산권 임대업
- 통신업(소포송달업을 제외한다)
- 컨테이너수리업, 운수업 중 보세구역내의 창고업
- 오락·문화 및 운동관련서비스업 중 뉴스제공업과 영화산업(영화관 운영업과 비디오물감상실 운영업을 제외한다)
- 상품중개업 중 상품종합 중개업
○ 외국법인의 국내사업장이 있느냐 없느냐에 따른 대가 수수방법에 2010/1 기분분부터 차이 없음

 

6. 영세율 첨부서류는 적정한가?(한종류라도 미제출시 무신고로 봄)
○ 법 또는 국세청장 지정서류인가?
- 법에 정한 첨부서류가 아닌 경우 무신고에 해당됨
- 법에 정한 서류가 없거나 부득이하게 제출할 수 없는 경우 외화획득명세서 제출
○ 조기환급신고자는 신고기한까지 반드시 첨부서류제출(신고기한으로부터 10일 이내 아님에 유의)

 

◈ 과세표준 안분계산
1. 과세면세 공통사용재화(용역)인가?

2. 공통사용 재화(용역)와 관련된 과세 및 면세수입금액 비율로 계산하였는가?
○ 공통사용재화와 관련없는 수입금액을 감안하면 안됨.
○ 직전과세기간 수입금액 기준
 ※ 면세수입금액에는 비과세수입금액도 포함(판례입장)

3. 안분계산 생략 기준에 해당하는가?
○ 면세비율 5% 미만인 경우(다만, 해당 재화의 공급가액이 5천만원 이상인 경우는 안분계산 하여야 함)
○ 재화의 공급가액이 50만원 미만인 경우


(3) 매입세액 및 납부세액 검토

 

◈ 세금계산서에 의한 매입세액 검토
1. 일반매입과 고정자산매입은 구분하였는가?
○ 일반매입자료만 부가가치율 산정시 활용하기 위한 목적임.

2. 고정자산매입분 검토
○ 재고자산 및 임대료 등은 포함되지 않았는가?
○ 폐업자의 경우 건축물(5년, 2002.1.1 이후 취득분 10년) 기타감가상각자산(2년)은 있는가?
☞ 국세청 컴퓨터 출력사항이므로 검토 요망

3. 매입세액 불공제분 검토
【매입세액 불공제 사항】
○ 합계표의 거래처등록번호 및 공급가액의 오류, 기재누락분
<세금계산서합계표 기재사항 중>
·거래처 등록번호와 공급가액 오류, 누락
 → 가산세(매출), 매입세액 불공제(매입)
   *다만, 착오인 경우 배제
·기타 기재사항 오류, 누락
 → 가산세 적용 안되며, 매입세액 공제됨.
○ 사업과 직접 관련없는 지출에 대한 매입세액(골프회원권 등)
○ 비영업용소형승용차 구입, 임차 및 유지비
  ☞ 주차료·주유비 등도 불공제됨.
○ 접대비 및 이와 유사한 비용
○ 면세사업과 관련된 매입세액
○ 토지의 자본적 지출과 관련된 매입세액(통상 정지비용까지 토지관련 매입세액임)
※ 해당 토지가 과세사업용이냐 면세사업용이냐와는 관계없으며 토지관련 자본적지출여부만 판단기준임에 유의
○ 등록 전 매입세액
☞ 사업자등록일(접수일을 말함) 이전 20일 이내의 것은 주민등록번호로 교부받아 매입세액공제 가능
○ 간이과세자 및 면세사업자로부터 교부받은 분

 

◈ 신용카드매출전표 등 수취분
1. 신용카드매출전표수령명세서는 작성하였는가?
○ 반드시 제출하여야 매입세액 공제됨.

2. 매입세액불공제분에 해당되는 것이 있는가(특히 접대비, 승용차 유지비 관련)?
○ 세금계산서에 의한 매입세액불공제 사유분 공제 불가

3. 간이과세자 및 면세사업자와의 거래분은 아닌가?
○ 매입세액 불공제

4. 신용카드로 결제하고 세금계산서도 교부받았는가?
○ 신용카드결제분은 세금계산서 수취 불가하나, 중복 수취한 경우에는 세금계산서에 의하여 매입세액으로 공제받고 신용카드매출전표 등은 보관하여 추후 세무서 소명자료로 활용

 

◈ 의제매입세액 검토
1. 면세로 공급받은 농·축·수·임산물인가?
○ 소금(광물) 및 김치(단순가공식료품이지 농산물은 아님) 등도 해당

2. 계산서 및 신용카드매출전표(직불카드 포함) 수령분인가?
○ 매입처별계산서합계표, 신용카드매출전표수령명세서는 제출하였는가?
 → 미제출 및 기타 증빙은 공제 불가

3. 농어민과의 직접거래분은 있는가?
→ 의제매입세액공제신고서는 작성하였는가?
○제조업자의 경우에만 가능하며, 타업종의 경우 일반영수증수취분은 공제 불가
○반드시 의제매입세액공제신고서는 제출

4. 공제율은 적정한가?
○ 음식업 6/106(개인 8/108), 기타 업종 2/102. 단, 과세유흥장소경영자는 2010.4.1 ∼ 2010.12.31까지 4/104

 

◈ 대손세액공제 검토
1. 대손사유에 해당하는가?
※ 주요 대손사유
○ 파산
 → 화의조건에 따라 배당결정 후 잔여채권
○ 민사소송법에 의한 강제집행
 → 미충당 채권(일부자산만 강제집행은 불가)
○ 사망실종선고
 → 상속재산으로 회수할 수 없는 채권
○ 회생계획인가의 결정 또는 법원의 면책결정에 따라 회수불능으로 확정된 채권
○ 상법상의 소멸시효 완성
 → 통상 3년. 단, 음식·숙박·입장료는 1년
○ 수표, 어음의 부도발생일로부터 6월이 경과된 날
 → 채권과 관련된 근저당설정된 분은 제외(설정채권 초과분은 가능)
○ 회수기일 6월이상 경과한 소액채권
 → 채권자별 10만원 이하

2. 상대방의 (잔여)재산은 없는가?
○ 회수할 수 없다는 판단의 입증이 필요
 → 채무자의 파산, 강제집행, 형의 집행, 사업의 폐지, 사망, 실종, 행방불명 등 → 무재산 입증 필요
○ 대손사유의 발생에 관한 입증만으로 대손요건 충족
 → 소멸시효완성채권, 대손승인채권, 국세결손처분채권, 경매취소압류채권, 부도어음·수표(근저당설정분 제외)

3. 공급일로부터 5년이 경과된 날이 속하는 과세기간의 확정신고기한 내에 대손이 확정되었는가?
(예) 2005.6.1 공급분 → 2010.7.25까지 대손이 확정되어야 됨.

4. 대손분이 부가가치세 신고시 매출로 신고되었는가?
○ 미신고분은 공제 불가(영수증 교부분도 가능)
○ 경정시 포함된 매출채권 공제 가능

5. 부도발생의 경우
○ 부도발생일(지급기일과 부도방 확인일 중 빠른날)로부터 6개월이 되었는가?
·1기 확정신고시 공제 가능 부도발생일 : 직전연도 6.30∼직전연도 12. 29
·2기 확정신고시 공제 가능 부도발생일 : 직전연도 12.30∼해당 연도 6. 29
○ 부도수표(어음)와 관련된 저당권이 설정되었는가?
 → 공제 불가
 → 근저당설정금액 초과분은 가능
○ 사업자가 부도수표(어음)를 최종적으로 소지하고 있는가(최종소지인 이외는 공제 불가)?
○ 수표 또는 어음의 발행자가 최초로 부도가 발생한 날 이전에 확정된 중소기업의 외상매출금이 있는 경우 대손세액으로 공제 가능

6. 예정신고시 공제받지 않았는가?
○ 확정신고시에만 공제 가능하며, 예정신고 때는 불가
 
7. 대손금액에는 부가가치세가 포함되었는가?
○ 반드시 부가가치세를 포함하여 계산
※ 주요사유에 대한 대손세액으로 공제받을 수 있는 방법
·소멸시효 : 소멸시효 완성 과세기간에만 공제 가능
·부도의 경우 : 부도발생일로부터 6월이 되는 과세기간에 공제받을 수 있고 그 기간이 지났을지라도 경정청구 없이 법인세법상 손금으로 계상한 년도에 공제 가능

 

◈ 재활용폐자원 매입세액공제 검토
1. 공제대상 사업자인가?
○ 폐기물중간처리업, 폐기물재활용신고자, 중고자동차매매업, 한국자원재생공사,중고자동차 수출업, 재생재료수집업

2. 공제대상 폐자원인가?
○ 고철, 폐지, 폐유리, 폐합성수지, 폐합성고무, 폐금속캔, 폐건전지, 중고자동차, 폐비철금속류, 폐타이어, 폐섬유, 폐유

3. 일반과세자(법인, 미등록사업자 포함)로부터 수집분인가?
○ 세금계산서 교부가 불가능한 자로부터 수집분만 해당됨에 유의(일반인, 간이, 면세사업자 등)
※ 중고자동차의 경우 10/110을 적용(기타는 6/106)하며 제작일부터 수출신고수리일까지 1년 이상인 경우만 공제대상임에 유의

 

◈ 공통매입세액 검토
[공통매입세액]
1. 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용되는 재화(용역)인가?
○ 부동산 공급에 대한 광고료도 안분계산대상

2. 공통사용 재화(용역)와 관련된 과세 및 면세수입금액 비율로 계산하였는가?
○ 공통사용재화와 관련없는 수입금액을 감안하면 안됨.
○ 해당 과세기간 수입금액 기준

3. 안분계산 생략기준에 해당되는가?
○ 면세비율 5% 미만인 경우(공통매입세액이 5백만원 이상인 경우는 제외)
※ 면세면적비율은 5%미만이라도 안분계산함
○ 공통매입세액이 5만원 미만
 
[납부환급세액 재계산]
1. 감가상각자산의 경우 공통매입세액 안분계산 후 납부(환급)세액 재계산을 하였는가?
○ 감가상각자산의 경우 반드시 검토

2. 경과된 과세기간수는 검토하였는가?
○ 건물 및 구축물:20과세기간(2002. 12. 31까지 취득분 5년)
기타 감가상각자산:4과세기간(2년)이 지나면 재계산 안함.

3. 기준과세기간보다 ±5% 이상인가?
○ 기준과세기간보다 면세비율이 5% 이상 증가 또는 감소하는 경우에만 재계산

 

◈ 신용카드발행액공제 검토
○ 개인사업자인가?
○ 영수증을 교부할 수 있는 사업자인가?(매입세액공제는 모든사업자가 해당되나 발행액 공제는 영수증 교부사업자만 해당)
○ 연간 700만원을 초과하지 않았는가? → 과세기간별 700만원이 아님
○ 해당 공제금액을 차감하기 전의 납부할 세액을 초과하지 않았는가?(해당 금액공제로 환급세액 발생하면 안됨)

 

◈ 차감납부세액 검토
○ 예정미환급세액과 예정고지납부세액은 정확하게 확인하여 기재하였는가?(예정미환급세액 기재누락 사례 및 예정고지납부세액 추정공제 착오 사례 방지)

 

◈ 전자세금게산서전송액 공제
○ 전자세금계산서 발급(발급명세를 전송한 경우에 한함)건당 100원을 공제하였는가?
 → 연간 100만원 한도이며, 개인사업자의 경우에도 전자세금계산서 발급시 공제가능

 

◈ 간이과세 포기대상 검토
1. 공급대가가 간이과세자 규모이나 일반과세자로 사업자등록을 한 사업자 중 다음과 같이 간이과세 포기 여부를 검토하였는가?
○ 제1기 중 개업자
 → 개업일∼6.30(만기환산)하여 다음해 1.1 유형전환 여부  검토하고, 다시 개업일∼12.31(만기환산) 후 다음해 7.1 유형전환 여부 검토해야 됨.
 
○ 제2기 중 개업자
 → 개업일 ∼12.31(만기환산) 후 다음해 7.1 유형전환 여부 검토
 * 유형전환에 따른 통지 여부
·간이과세에서 일반과세자로 전환시
 → 통지를 받은 과세기간까지 간이과세 적용
·일반과세에서 간이과세자로 전환시
 → 통지에 관계없이 간이과세 적용

 

 

세무사신문 제547호(2011.1.3)

 

 [조회: 3999]