최근 조세심판원에서는 서비스업에서 수입금액이 발생하지 않았다고 해서 결손금 소급공제를 부인한 것은 잘못이라고 결정했다<2010서 2063, 2011. 3. 24>.

조세심판원에 따르면 2003년 5월 30일 개업한 이래 서비스업(소프트웨어 개발업 등)을 영위하는 A법인은  2008사업연도 과세표준을 31억1722만657원으로 하여 법인세 7억4914만5164원을 자진 신고·납부했다가 2009년도에 손금 총액이  익금 총액을 초과하자 결손금인 28억9499만3194원을 과세표준으로 신고하고 납부한 법인세 중 7억2374만8299원을 환급 신청했다.

처분청은 결손금 소급공제가 가능한 중소기업에 해당되는지는 업종 기준, 규모 기준, 독립성 기준으로 판단해야 하는데 A법인은 2007∼2009사업연도 소프트웨어 관련 매출 및 매입액이 없으며 유가증권 처분에 따른 손익으로 결손금이 발생했으므로 결손금 소급공제를 받을 수 있는 중소기업에 해당되지 않는다며 이를 거부하자 A법인은 심판청구를 제기했다.

조세심판원은 결정문을 통해 “법인세법 시행령 제110조 제1항에서 같은 법 제55조의 2에 따르면 토지등 양도소득에 대한 법인세에 대해 결손금 소급공제 대상에서 제외한다고 규정하고 있을 뿐 다른 제한사항을 규정하고 있지 않고, ‘조세특례제한법 시행령’ 제2조 등에서도 수입금액이 발생되지 않았다고 중소기업에서 배제한다는 규정이 없다”면서 “A법인의 법인세액 환급을 거부한 처분은 잘못이다”라고 결정했다.