◇납세자 권익 증진
    ▲신고제도 합리화 = 개인사업자에 대한 부가가치세 예정신고의무제가 폐지된다. 법인세 중간예납신고 면제대상에 산학협력단이 추가된다. 청산소득 중간신고 면제 대상에 유동화전문회사 소득공제를 적용받는 법인이 포함된다. 전자신고 세액공제 한도가 세무사는 연간 300만원에서 400만원으로, 세무법인은 연간 800만원에서 1천만원으로 각각 확대된다.

   ▲세금계산서 발급제도 보완 = 계약해제 시 수정 발급되는 세금계산서의 공급일자를 당초 거래일자가 아닌 계약해제일로 한다. 세금계산서 발급 특례기한의 말일이 토요일, 공휴일이면 그 다음 날까지 연장된다. 전자 세금계산서의 국세청 전송기한을 공급일의 다음달 15일까지에서 발급일의 다음날로 조정된다. 주거용 건물 수리ㆍ보수 및 개량업도 영수증 발급대상 사업에 포함된다.

   ▲개발제한구역 내 토지 등의 매수청구ㆍ수용 시 양도세 감면 적용기한이 2014년 말로 3년 연장.

   ▲고지유예, 징수유예 신청에 대한 통지기간 신설 = 세무서장은 납세자에게 고지유예 또는 징수유예에 대한 승인 여부를 알리고, 납부기한 만료일 10일 전에 신청한 건에 대해선 10일 이내에 통지하지 않을 경우 승인으로 간주한다.

   ▲고유목적사업준비금 손금산입 특례 적용 대상에 국립대학법인 서울대와 발전기금, 국립대학법인 울산과학기술대 추가
    ▲비영리법인의 고유목적사업준비금 손금산입 대상 이자ㆍ배당소득의 범위 조정 = 비영업대금이익만 50% 설정 수익사업소득으로 유지되고, 나머지는 100% 설정 이자 및 배당소득으로 전환된다.

   ▲해외펀드에서 발생한 해외주식 매매ㆍ평가손익의 손실상계 대상 펀드이익의 범위를 2010년 1월1일~2011년 12월31일에서 2010년 1월1일~2012년 12월31일로 확대.

   ▲주택마련저축 소득공제 한도를 그해에 실제로 불입한 금액을 기준으로 연 120만원까지로 변경.

   ▲금전 외 대가수령 시 부가가치세 과세표준 산정 기준에 공급받은 재화 또는 용역의 비특수관계자가 거래가격이 추가된다.

   ▲주류 제조면허 및 판매업면허 제도 개선 = 개인사업자가 법인전환하는 경우 판매업면허는 면허제한사유에 해당하지 않은 포괄승계만 면허취득으로 간주한다. 제조면허도 판매업면허의 규정과 같다.

   ▲관세조사 관련 납세자 권익보호 강화 = 관세조사권 남용금지 의무와 관세조사 시 통합조사 원칙이 신설된다. 또 정기조사, 수시조사의 대상 기준이 마련되고, 소규모 성실사업자는 정기조사를 면제받을 수 있도록 했다.

   ▲납세자친화적 관세제도 개선 = 특별제척기간 사유에 '경정청구일로부터 2개월'이 추가된다. 조기경정 신청제도가 신설된다. 불이익 처분 시 청문 대상으로 보세구역 화물관리인 지정 취소 등이 포함된다. 수출입신고필증 미보관에 따른 벌칙이 2천만원 이하 벌금에서 100만원 이하 과태료로 완화된다. 관세법령 해석을 위해 관세예규심사위원회를 기획재정부에 설치한다. 잠정가격 신고 시 장점가격이 확정가격보다 높다면 가산금을 면제받는다. 후발적 경정청구가 새롭게 마련된다.

   ▲관세평가제도 개선 = 신고한 거래가격을 인정할 수 없다고 판단한 경우 세관장은 납세자에게 판단근거를 사전에 통보하고 의견제출 기회를 준다. 과세가격 사전심사 신청 시 신청 이전의 과소신고에 대해 가산세를 면제해준다. 기준비율 제도를 폐지하고 동종ㆍ동류 물품 수입업체들의 이윤ㆍ일반경비 비율의 평균값을 적용한다. 수입신고 수리 후 관세감면 신청의 보완이 허용된다.

  
    ◇국제조세제도 합리화
    ▲국세-관세 간 과세가격 결정제도 개선 = 수입거래에 대한 국세ㆍ관세가격 상호조정할 수 있는 근거가 마련된다. 또 이를 위한 과세가격 조정심의위원회가 설치된다. 과세 당국간 정보를 상호 제공한다.

   ▲해외금융계좌 신고제도 정비 = 신고의무 면제 대상이 되는 국내 거주기간이 신고대상 연도 종료일 2년 전부터 계산해 국내에 거소를 둔 기간의 합계가 1년 이하로 한다. 해외금융계좌 수정ㆍ기한 후 신고제를 신설하고 신고 시 과태료를 감면해준다. 해외금융계좌 신고의무 위반행위를 적발하는 데 중요한 자료를 제공한 이에게 1억원 한도에서 포상금을 준다.

   ▲조세조약의 해석 및 적용에 관한 일반적 상호합의는 재정부 고시로 공표.

   ▲금융기관이 정당한 이유없이 금융정보 제공요구에 불응하면 3천만원 이하 과태료 부과.

   ▲해외지주회사가 같은 지역 이외에 자회사를 두는 경우 해외지주회사 유보소득의 배당간주 적용을 면제.

   ▲특정 외국법인 유보소득 합산과세 적용대상 요건을 내국인이 특정 외국법인의 각 사업연도 말 현재 발생주식 총수 또는 출자금액의 100분의 10 이상 직ㆍ간접적으로 보유한 경우로 확대.

   ▲조세조약 체결 여부와 상관없이 외국납부세액 전액 인정.

   ▲합병 시 피합병법인의 간접 외국납부 세액공제 적용요건의 기산일을 피합병법인의 외국자회사 주식 등의 취득일로 명시.

   ▲해외현지법인 자료제출 대상에 실효세율 15% 이하인 국가ㆍ지역에 설립되고 내국법인이 10% 이상 간접 소유한 특수관계에 있는 해외현지법인이 추가.

  
    ◇기타 과세제도 정비
    ▲세법상 특수관계인 범위 정비 = 친족관계, 경제적 연관관계, 경영지배관계 등으로 특수관계인의 정의가 신설된다. 친족관계의 범위는 6촌 이내 혈족, 4촌 이내 인척으로 조정된다. 개인과 법인의 경영지배 기준이 통일된다.

   ▲신고ㆍ납부 불성실가산세 제도 보완 = 부가가치세 사업장별 납부 위반 시 납부불성실가산세가 완화된다. 교육세ㆍ농특세에 대해선 신고불성실 가산세가 배제된다. 부당 무신고 가산세가 '전체 산출세액 등×40%'로 단순화된다. 과소신고 가산세 등의 부과기준이 세목별로 합리화된다. 초과환급신고 가산세와 환급불성실 가산세 부과대상자에 부가세법상 사업자가 아닌 자도 신고하거나 환급받았으면 포함된다. 원천징수납부 불성실가산세 등이 국세기본법에 통합되고 가산세율을 '미납세액의 3%+미납세액의 0.03%/1일'로 통일된다.

   ▲소득세 과세제도 보완 = 근로장려세제 적용 시 전세금을 평가할 때 증빙서류를 제출하지 않을 경우 기준일 현재 임차주택 기준시가의 50%를 전세금으로 간주한다. 사업용 계좌 개설신고 미이행 등 각종 의무 불이행에 따른 감면 혜택을 배제할 때 해당 사업장만 배제하는 것을 명시한다.

   ▲양도세 과세제도 보완 = 예정신고 무신고자도 등기부 기재가액을 실지 거래가액으로 추정해 양도세를 결정할 수 있게 된다. 수도권 이외 지역에서 실수요 목적으로 취득한 주택에 대한 과세특례의 경우 양도시기가 '부득이한 사유가 해소된 날로부터 3년 이내'로 규정된다. 법인 전환 시 이월과세될 때 전환 후 5년 이내 사업 폐지 또는 전환 당시 자본금의 50% 이상 유상감자하면 양도소득세 상당액을 징수한다.

   ▲부가가치세 과세제도 보완 = 부가가치세 신고기한을 외국법인도 내국인과 같이 25일로 일원화된다. 부가세 예정고지에 전자세금계산서 발급 세액공제(건당 200원)가 포함된다. 금지금(金地金) 면세제도 적용기한이 2012년 말로 1년 연장된다. 국내 사업장이 없는 비거주자 등으로부터 국내 대리인 등을 통해 용역을 공급받으면 국내 사업자인 대리인 등의 공급으로 본다. 부가세 대리납부 적용 대상 공급에 무체물이 추가되고 과세사업자도 매입세액불공제 대상 용역 등을 공급받는 경우 대리납부의무자가 된다.

   ▲외화자산ㆍ부채의 평가규정에 '평가 기준일 현재 외국환거래법에 의한 기준환율 또는 재정환율'이란 규정 신설.

   ▲국세징수 관련 제도 보완 = 내국인이 외국으로 이주하거나 1년 넘게 체류하기 위해 거주여권을 신청할 경우 납세증명서를 외교통상부장관에게 제출하도록 했다. 공매공고 등기 또는 말소 촉탁에 대해선 등록면허세가 면제된다. 결손처분 규정이 삭제된다.

   ▲가정용 부탄 등을 사업자가 용도 외로 사용한 경우엔 공급자가 아닌 사업자에 초과환급세액과 가산액 징수.