2026년 10월 28일
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 [조회: 6353]
개정서식에 따른 성실신고확인 업무 Q&A

5월에 접어들면서 성실신고확인제도가 첫 시행되는 종합소득세 확정신고가 본격화되었습니다. 기획재정부는 지난 4월26일 성실신고확인제도의 성패를 좌우하는 확인자로서 핵심적인 역할을 수행하는 회원들의 어려움을 반영해달라는 우리회의 지속적인 건의를 받아들여 성실신고확인서를 대폭 개정하였습니다.
이를 포함하여 회원님들이 성실신고확인서 작성요령을 포함한 성실신고확인 업무와 관련하여 궁금해하는 사항을 성실신고확인서 Q&A로 정리하여 게재하니 성실신고확인 업무수행에 많은 도움이 되셨으면 합니다.
현실적으로 제도적 문제점과 실무상 어려움이 작지않지만, 정부와 국민으로부터 확인자로서 역할을 부여받은 세무사 회원여러분께서 모쪼록 성실한 확인업무 수행으로 역할을 충실히 수행함으로써 국민과 정부의 신뢰를 확고히 하고 조세 및 회계전문가로서 사회적 위상이 제고될 수 있도록 최선을 다해주시길 기대합니다.

 

1. 성실신고확인의 판정의 중요성 및 방법

 

◈ 성실신고확인대상인지 확인은 누가?

- 성실신고확인 대상이 되는 지는 기장의무와 마찬가지로 자신의 납세의무를 정하고있는 세법에 따라 해당 납세자가 판단하여야 하지만, 세무사가 회계대행을 하거나 종합소득세신고를 대리하는 경우에는 성실신고확인서 제출이 누락되지 않도록 반드시 사전에 납세자가 성실신고확인 대상에 해당하는 지를 검토하여야 합니다.   

 

◈ 성실신고확인 대상을 기준이 되는 수입금액은?

- 성실신고확인 대상 여부를 판단할 때 기준이되는 ‘수입금액’은 세법상 총수입금액입니다. 그러므로 복식부기의무자의 판단과 마찬가지로 판매장려금, 신용카드발행세액공제액, 임대주택 이외의 부동산 임대보증금의 간주익금, 사업양수도 시의 재고자산의 시가액 등 총수입금액에 산입하는 금액도 포함하여 계산하여야 합니다.

 

◈ 결정 또는 수정신고로 총수입금액이 증가한 경우 성실신고확인대상이 되나?
- 결정·경정 또는 수정신고로 수입금액이 증가하는 등 신고기한이 지난 후 성실신고확인 적용대상으로 판명되면 성실신고확인서 미제출가산세가 적용되고 수시선정 세무조사대상이 될 수 있습니다. 특히 수정신고 등으로 소득금액의 10%이상 증가하게 되면 공제받은 세액공제액이 추징되고 수입금액 또는 필요경비의 20%이상이 누락 또는 과대계상된 것으로 확인되면 공제받은 의료비?교육비공제액이 추징되고 3년간 다시 공제를 받을 수 없게 됩니다. 그러므로 수정신고도 발생하지않도록 제출 전에 재차 확인하셔야 합니다.

 

2. 성실신고확인서의 작성 및 제출

 

◈ 선임신고서를 제출하지 않았거나 확인자를 변경하는 경우 문제없나?

- 성실신고확인 대상사업자이지만 지난 2월10일까지 성실신고확인자 선임신고를 하지않았다해도 종합소득세신고때 성실신고확인서를 제출하는데 아무런 지장이 없으며 가산세도 없습니다. 만약 선임신고는 하였는데 부득이 다른 세무사가 확인하는 경우 성실신고확인서의 제출을 인정받고 가산세도 없지만 선임신고와 다른 성실신고확인서의 제출로 인하여 행정상 성실신고확인서의 중점관리대상이 될 수 있습니다.

 

◈ 2이상의 사업장을 가진 경우 성실신고확인서 작성기준은?

- 성실신고확인서의 작성기준은 표준재무제표의 작성과 일치시키는 것이 원칙입니다. 둘 이상의 사업장을 가진 사업자는 표준재무제표 작성과 일치시켜 사업장별 또는 통합하여 작성할 수 있지만 사업장별로 조세감면을 달리 적용받는 경우에는 사업장별로만 작성할 수 있습니다. 부동산임대의 사업소득, 부동산임대 외의 사업소득이 있는 경우에는 소득별로 첨부서류를 각각 별지로 작성합니다. 한편 공동사업자는 공동사업장별로 작성하고 확인서의 제출은 주된 공동사업자 1명만 그 납세지관할세무서장에게 제출하면 됩니다.

 

◈ 간편장부 대상자도 성실신고확인서 제출대상인가?

- 직전 과세연도 수입금액이 기준 수입금액에 미달하여 간편장부대상자인 경우 간편장부에 의하여 소득금액을 계산할 수 있으나 그와는 별개로 해당과세연도 수입금액이 성실신고확인 대상이 되면 성실신고확인을 받아야 합니다.

 

◈ 일부 사업장을 추계신고하는 경우 성실신고확인서 제출은?

- 대상사업자인 경우 모든 사업소득은 예외없이 성실신고확인서를 제출하여야 합니다. 하지만 추계신고하는 경우 성실신고확인서의 손익분석 항목 등을 작성할 수 없으므로 현실적으로 확인서를 제출할 수 없게 됩니다. 하지만 이런 경우 성실신고확인서 미제출가산세 대상이 됩니다.

 

◈ 성실신고확인에 있어서 허위확인의 범위는?

- 기획재정부 세무사징계양정규정(제2조)은 확인자가 성실신고확인시 ‘허위확인’한 경우 징계기준을 정하고있습니다. 이 때 ‘허위확인금액’은 증명서류가 없거나 허위임을 알면서 계상한 비용 등을 의미하는 것으로 허위확인금액을 따질 때 확인서 중 ‘특이사항’은 제외됩니다. 세금계산서?계산서 등 적격증빙이 추후 가공으로 밝혀지거나 매출누락이 발견되어도 성실신고확인상 허위확인으로 보지않지만 이런 경우 부실기장 등 다른 징계사유가 되고있어 유의해야 합니다.

 

3.  세액공제와 의료비등 공제

 

◈ 확인비용에 대한 세액공제와 필요경비 계상은 언제하나?
- 대상사업자가 2011과세연도분 종합소득세신고를 위하여 2012년에 성실신고확인을 받고 확인비용을 지출한 경우에는 2011과세연도 종합소득세신고시 사업소득 산출세액에서 공제받습니다. 하지만 확인비용(세액공제액 포함)에 대한 필요경비는 실제 지출의무가 확정된 과세연도(2012과세연도)에 계상하는 것은 다른 필요경비와 같습니다.

 

◈ 공동사업자의 성실신고확인비용 세액공제 방법은?

- 거주자가 공동사업을 영위하는 경우 성실신고확인비용에 대한 세액공제는 특별한 약정이 없는 한 지출한 확인비용을 손익분배비율에 따라 나눠 거주자별로 공제액을 계산합니다. 이 때 공동사업을 영위하는 거주자별로 성실신고확인비용을 부담하거나 세액공제받더라도 필요경비는 당연히 공동사업자의 소득금액계산시 계상하는 것입니다.
 
◈ 공동사업과 단독사업을 영위하는 경우 세액공제 한도액은?

- 공동사업에서 자신이 손익분배비율에 따라 부담한 성실신고확인비용과 단독사업에서 부담한 성실신고확인비용을 합한 금액의 60%를 100만원의 범위에서만 공제받습니다. 이는 공동사업장에 대한 기장세액공제에 있어 한도액 계산방법과 동일합니다.

 

◈ 의료비?교육비공제는 필요경비로 인정되나?

- 성실신고확인대상자가 성실신고확인서를 기한까지 제출한 경우에는 근로소득자가 연말정산시 하는 방법과 같이 의료비?교육비를 공제받습니다. 그러므로 사업소득금액 계산에서 필요경비로는 공제되지않습니다.

 

4. 개정 성실신고확인서에 따른 확인요령

◈ 확인서의 작성

- 이번에 개정된 성실신고확인서는 한 확인자가 확인하였다면 10개 이상의 여러개의 사업장까지도 한 개의 확인서로 제출할 수 있도록 한 것이 특징입니다. 즉 확인서(표지)는 1개만 제출하고 확인서의 첨부서류인 ‘성실신고확인 결과 주요항목 명세서’ ‘성실신고확인 결과 특이사항 기술서’ ‘성실신고확인 결과 사업자 확인사항’만 사업장별로 각각 작성하여 모두 첨부하면 됩니다. 물론 확인자가 다른 경우에는 별도로 확인서를 제출합니다.

 

◈ 사업용계좌에 대한 확인요령

- 이번 성실신고확인서 개정으로 사업용계좌에 대한 성실신고확인서 작성부담이 대폭 경감되었습니다. 종전에는 사업용계좌별로 기중 입출금액을 기재하고 재화와 용역의 거래대금, 인건비?임대료지출액 등 사용대상과목별 사용현황을 기재하도록 하였으나 이를 모두 삭제하였습니다. 이에 따라 사업용계좌에 대하여는 기초와 기말의 잔액만 기재하면 되어 성실신고확인에 있어서 가장 어려운 점을 해소한 것입니다. 하지만 성실신고확인서와는 관계없지만 세무조정상 사업용계좌 의무사용대상에 대하여 가산세 적용대상이 있는지는 다른 사업자와 마찬가지로 검토되어야 합니다.

 

◈ 적격증빙에 대한 확인요령

- 건당 3만원 이상 지출액에 대하여 원칙적으로 적격증빙을 사용하였는 지를 확인도록 한 성실신고확인서의 내용도 많이 바뀌었습니다. ‘3만원초과거래에 대한 적격증빙없는 비용명세’는 표준재무제표상 적격증빙 수취의무가 있지만 적격증빙을 수취하지 않은 거래내역에 대하여 작성하는 것으로 만약 다른 사업자와 마찬가지로「영수증수취명세서」에서 적격증빙없는 거래내역을 기재하여 신고하는 경우에는 성실신고확인서에서 작성을 하지않아도 됩니다. 하지만 복식부기의무자의 종합소득세신고서식으로 반드시 첨부하여야 하는 영수증수취명세서도 정확히 작성하고 가산세적용대상 등을 판단하셔야 합니다.

◈ 전산회계처리의 활용

- 성실신고확인서의 각 항목별로 회계처리한 내용에서 불러올 수 있는 것들은 모두 불러올 수 있도록 기획재정부는 사전에 더존, 뉴젠 등 프로그램사와의 협의를 마쳤습니다. 이에 따라 확인서의 작성은 재무제표 및 계정별 기장내용 등 원시 회계처리자료를 불러와 기초자료로 활용할 수 있습니다. 하지만 적격증빙사용 여부 등 회계처리자료가 잘못 입력되었음에도 이를 불러와서 검토없이 그대로 제출하는 경우에는 허위확인이 될 수 있으므로 회계처리시 입력내용을 정확하게 입력하였는 지 반드시 확인하여야 합니다.


 

 

세무사신문 제579호(2012.5.3.)

 [조회: 6353]