일부 증권사들이 증권거래세법 개정에 따른 거래세 산정방식 변화를 반영하지 않아 3년여 동안 거래세를 과다하게 징수한 것으로 나타났다.

13일 금융투자업계에 따르면 2009년 2월 증권거래세법 개정으로 거래세 산정방식이 종목합산방식에서 체결건별방식으로 변경됐지만 키움, 동양, 우리투자증권 등 일부 증권사들은 최근까지 기존 방식을 유지해왔다.

변경된 방식은 원 단위 이하는 절사해 거래세를 계산하기 때문에 세금이 소폭 줄어드는 효과가 있다. 과다 징수 규모는 증권사별로 연간 1천만원 선으로 추정된다.
뒤늦게 산정방식 변화를 인지한 증권사들은 전산시스템 변경과 과다징수액 환급에 나섰다.

한 증권사 관계자는 "그동안 거래세 산정 방식이 변경됐다는 점을 제대로 확인하지 못해 전산시스템을 바꾸지 못했다"라며 "고의는 아니지만 고객의 피해 부분은 확인작업을 거쳐 대처할 것"이라고 밝혔다.

금융감독원 관계자는 "증권사가 시스템이 바뀐 것을 제대로 적용하지 않은 면은 있지만 의도적으로 부당 징수한 것 같지는 않다"며 "일단 실태를 파악해 보고 있다"고 말했다.