기업이 부당 신청한 R＆D(연구ㆍ개발) 세액공제 대상 금액이 300억원을 넘는 것으로 조사됐다.

감사원은 5일 이 같은 내용을 담고 있는 '기업 R＆D 투자 조세감면 실태'에 대한 감사 결과를 공개했다.

감사원이 2011년 법인세 신고 시 연구ㆍ인력개발비 세액공제를 신청한 상위 30개 법인에 대해 분석한 결과, 3개 법인이 총 307억여원의 R＆D 투자 조세감면을 부당 신청했다.

A사는 연구소에서 근무하지 않은 직원 279명에 대한 인건비 100억여원과 해당 연구소에서 사용하지 않은 재료비 182억여원을 세액공제 대상 비용에 포함해 연구ㆍ인력개발비 세액공제를 신청했다.

또 B사는 연구용으로 사용하지 않은 재료비 19억여원을 세액공제 비용에 포함했고, C사는 위탁 연구활동은 세액공제 대상이 아닌데도 위탁 연구개발과제 비용 6억여원을 연구ㆍ인력개발비에 포함해 세액공제를 신청했다.

감사원은 서울지방국세청장과 중부지방국세청을 상대로 현장 확인을 거친 뒤 법인세를 추가 징수하는 방안을 마련하라고 통보했다.

이와 별도로 책임보험에 들지 않는 차량이 사고를 냈을 때 피해자를 돕기 위해 자동차보험 가입자들이 내는 분담금이 '주먹구구' 식으로 산정되고 있는 것으로 확인됐다.

감사원에 따르면 국토해양부는 적정한 분담금률을 산출하지 않고 자동차 손해배상보장사업 분담금을 부과해 1999년∼2005년 매년 400억여원을 과다 징수했고, 2009년∼2012년 6월 필요한 금액의 57∼72％ 수준으로 과소 징수했다.

또 기초생활수급자나 가구당 월평균소득이 최저생계비 이하인 저소득층에게 분담금을 지원해야 하는데 2012년 1∼9월 전체 지원대상자 1만8천826명 가운데 기초생활수급자가 아닌 사람이 전체의 55.5％인 1만453명에 달했다.

이와 함께 감사원은 지식경제부 등 7개 중앙행정기관이 규정을 어기고 기술이나 연구ㆍ개발 성과를 빌려준 대가로 받는 기술료를 포상금이나 행사성 경비에, 또는 계속사업에 사용한 사실도 확인했다.