대주주의 친족이 아닌 임직원은 주식양도차익 과세 대상에서 제외된다. 임직원 주식양도차익 과세 문제가 논란이 되자 종전에 모호했던 규정을 명확히 한 것이다.

기재부는 지난달 입법예고한 세법시행령 개정안을 부처 협의 과정에서 나온 의견을 반영해 이같이 수정하고 오는 15일부터 공포한다고 12일 밝혔다. 이번 국무회의에서 12개 법안이 수정됐다.

애초에는 주식양도차익 과세대상 대주주의 범위에서 국세기본법상 특수관계인 중 법인의 사용인을 제외하도록 규정했으나 수정안은 대주주와 친족 관계가 없는 임직원까지 제외하도록 했다.

기재부 관계자는 "예컨대 이건희 삼성전자 회장의 사촌, 이모는 대주주에 포함되지만, 월급 사장은 과세 대상에서 빠지게 된다"고 설명했다.

수정안은 또 종신형 연금보험의 비과세 요건 가운데 보증기간을 '10년 이내'에서 '통계청장이 고시하는 기대 여명 이내'로 수정했다. 기대 여명 이내로 보증기간을 조정하더라도 종신형의 경우 조세회피 우려가 크지 않다는 이유에서다.

'혁신형 개량신약'을 개발하면 연구개발(R&D) 비용의 최대 30%까지 공제혜택이 부여된다. 신성장동력산업ㆍ원천기술 R&D 세제지원 대상 기술에 제약산업을 추가한 것으로, R&D 비용의 20%(중소기업 30%)를 공제받는다.

아울러 연금계좌의 연금 수령 기간은 15년 이상에서 10년 이상으로 조정했다. 비과세 월적립식 저축성보험의 요건도 수정해 최초 보험료의 1/2이내 감액 허용을 삭제했고 6개월 이내의 선납은 인정토록 개정했다.

물납을 금지했던 연부연납제도는 첫 회분(중소기업은 5회분)의 분납 세액에 한해 물납을 허용하기로 했다.

기업어음(CP)의 원천징수 시기는 할인매출일로 일원화하되, CP가 발행일부터 만기일까지 예탁결제원에 예탁된 경우 만기일 선택을 허용하기로 했다.