종교활동 등 공익사업에 2년 이상 사용된 부동산은 수익사업에 활용하더라도 취·등록세를 부과할 수 없다는 대법원 판결이 나왔다.

대법원 1부(주심 김창석 대법관)는 "취·등록세 등 3천900만원을 취소해 달라"며 대한예수교장로회 찬양교회가 서울 은평구청장을 상대로 낸 취득세 등 부과처분 취소 소송에서 원고 패소 판결한 원심을 깨고 사건을 서울고법으로 돌려보냈다고 9일 밝혔다.

재판부는 "2000년 개정된 지방세법은 비영리사업자가 부동산을 공익사업에 2년 이상 직접 사용하지 않고 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우 비과세한 취·등록세를 부과할 수 있도록 했다"고 전제했다.

재판부는 "부동산을 수익사업에 사용하는 경우 용도에 따른 사용기간을 묻지 않고 곧바로 취·등록세 부과사유에 해당한다고 본 원심은 법리를 오해했다"고 판시했다.

찬양교회는 2007년 2월 종교사업 사용목적으로 서울 은평구 불광동 소재 부동산을 매수했다.

찬양교회는 '제사·종교·자선·학술 등 공익사업을 목적으로 비영리사업자가 부동산을 취득할 경우' 취득세, 등록세, 농어촌특별세, 지방교육세 등을 비과세하는 구 지방세법에 따라 세금을 면제받았다.

그러나 2010년 4월부터 해당 부동산을 월 200만원의 임대료를 받고 수익사업에 제공하자, 은평구청은 비과세 혜택을 받은 부동산을 수익사업에 사용하는 경우 취·등록세를 다시 부과할 수 있다는 지방세법 단서조항을 근거로 찬양교회에 세금을 부과했다.

찬양교회는 "이미 2년 이상 공익사업에 사용했기 때문에 과세 처분은 부당하다"며 소송을 제기했지만 1·2심은 이를 받아들이지 않았다.