종교단체 등 비영리사업자가 토지를 고유 업무에 사용할 땐 비과세가 인정되지만, 건축중이거나 건축허가후 행정기관의 건축규제조치로 건축에 착공하지 못한 경우 등 법에서 예외를 인정하는 경우가 아니면 비과세 대상이 될 수 없다.
감사원은 최근 사찰이 소유한 땅을 종합토지세 과세기준일인 6월 1일 현재 정당한 사유로 직접 사찰에 사용하지 못하거나 건축물 건축을 못하는 경우에도 종합토지세를 내야한다는 심사결정을 내려졌다
국세청은 서울의 모 사찰에서 '증여 받은 임야에 사찰건축허가가 나지 않아 가지고 있을 뿐인데, 과세당국이 사찰림에 해당하는 땅에 종합토지세를 부과한 것은 잘못됐다'는 심사청구 제기에 대해 이같이 결정했다.
제 402호 (2004.12.1)