인천터미널 부지를 롯데인천개발에 9천억원에 팔아 재정난에 숨통이 트이는듯 싶었던 인천시가 생각지도 못했던 법인세 추징 위기에 처했다.

중부지방국세청은 인천시가 인천교통공사 설립후 인천터미널부지를 출연한 뒤 다시 돌려받아 매각하는 과정에서 장부가액과 감정가의 차액에 대한 법인세 납부 등에 관한 자료분석을 벌일 방침이라고 12일 밝혔다.

인천교통공사는 지난 2011년 11월 당시 인천지하철공사와 통합하는 과정에서 인천터미널 부지를 장부가액(1천600억원)으로 출연받은 뒤, 작년 8월 5천600억원에 인천시에 넘겼다.

시가 올해 1월 롯데 측에 매각을 위해 실시한 감정평가액은 7천억원대로, 중부지방국세청은 이 차액(1천400억원)에 대한 세금을 내야 한다는 입장이다.

교통공사는 시에 터미널 부지를 넘기는 과정에서 장부가액과 감정평가액의 차액(4천억원)에 대한 법인세 신고액(794억원)을 5년간 분할납부하겠다고 신고했고, 65억원은 이미 납부했다.

그러나 국세청은 인천시의 100% 출연기관인 교통공사가 작년 8월 시에 터미널부지 소유권을 넘길 때의 부동산 평가금액과 시가 롯데에 이 부지를 매각한 지난 1월의 평가금액에 차이가 났기 때문에 차익에 따른 세금을 내야 한다는 것이다.

인천시의 터미널부지 매각 과정에서 인천시가 얻은 '이익'에 대한 세금은 전 토지주인 교통공사가 내야한다는 것이다. 법인세를 내야 할 인천시가 자치단체여서 과세대상이 될 수 없는 만큼, 시와 특수관계에 있는 인천교통공사가 이 세금을 내는 게 맞다는 판단이다.

중부지방국세청의 한 관계자는 "현재 자료제출 협조를 요청한 상태로 아직 결정이 나거나 법인세 추징통보를 한 사실은 없다"며 "터미널 부지를 출연해서 되돌려 받을 당시 형질변경 등에 따른 감정평가액이 상승했기 때문에 합리적인 이유가 없다면 (법인세를)부과할 수 있다"고 설명했다.

중부국세청은 그러나 지방자치단체가 얻은 이익에 대해 관련 공공법인이 세금을 대신 내는 게 타당한 것인지 등 문제의 소지가 있을 수 있어 국세청에 질의한 것으로 알려졌다.

이에 대해 교통공사의 한 관계자는 "터미널 부지 반환과정에서 이미 신고한 법인세를 100% 시 출연기관이라고 해서 재차 추징하려 한다면 이중과세 논란이 일 수 있다"며 "국세청에서 (법인세를) 추가 부과할 수는 있지만 교통공사로서는 방어단계"라고 전했다.