대학병원들이 울상이다. 경제불황으로 환자가 줄어 가뜩이나 어려운 상황에서 지방세 감면 축소로 세금을 더 내야 하기 때문이다.

19일 병원계에 따르면 안전행정부는 지방재정 건전성을 강화하려는 취지로 최근 의료기관에 대한 지방세 감면을 전면 정비하는 내용의 지방세 특례제한법 일부 개정안을 입법예고했다. 안행부는 오는 9월 4일까지 개정안에 대한 관련단체와 개인의 의견을 접수하고서 내년부터 시행할 예정이다.

개정안은 특히 학교법인 대학부속병원과 사회복지법인 병원에 대한 지방세 감면항목을 축소하는 내용을 담고 있다. 이러면 국립대병원과 사립대병원, 사회복지법인병원은 그동안 모두 감면받았던 지방세 일부를 내야 한다.

사립대병원과 사회복지법인병원은 지방세 감면항목이 기존 6종(재산세, 지역자원시설세, 등록면허세, 취득세, 지방소득세 종업원분, 주민세 재산분)에서 3종(재산세, 등록면허세, 취득세)으로 대폭 줄어든다.

국립대병원은 지방세 감면대상이 종전 4종(재산세, 취득세, 지방소득세 종업원분, 주민세 재산분)에서 3종(재산세, 등록면허세, 취득세)으로 축소된다.

다만, 안행부는 그 밖의 공익재단 의료법인과 종교단체 운영 병원에 대한 지방세 감면은 현행 수준에서 유지하기로 했다.

정부는 1977년부터 현재까지 장기간에 걸쳐 3년마다 일몰조항(법률, 각종 규제가 일정기간이 지나면 저절로 효력이 없어지도록 하는 제도)을 연장해가며 대학부속병원과 사회복지법인병원의 지방세를 감면해 줬다.

이들 의료기관에 돌아가는 지방정부의 세제지원 혜택은 공공성이 강한 지방의료원 등에 견줘서도 상대적으로 크다. 이때문에 형평성 논란이 제기됐다. 현재 지방의료원은 지방세 항목 중에서 취득세와 재산세, 등록면허세 등만 감면받고 있다.

안행부 지방세정책과 관계자는 "다른 의료기관보다 감면혜택이 큰 대학병원과 사회복지병원에 대해서는 지방의료원 수준으로 감면 범위를 합리적으로 정비하기로 했다"고 말했다.

한국지방세연구원에 따르면 2011년말 기준 의료기관에 대한 지자체의 지방세 감면규모는 542억6천만원에 이르렀다.

이에 대해 병원경영자들의 모임인 대한병원협회는 관련 입법의 시행 재고를 촉구하고 나섰다. 협회 관계자는 "최근 경기침체로 병원경영의 어려움이 가중되는 상황에서 그동안 감면혜택을 받던 세금을 물게 돼 병원들의 조세부담이 커질 것"이라며 정부는 개정안 시행을 재고해야 한다고 주장했다.