일선 지방자치단체에 법인 세무조사 권한을 부여한 지방세법 개정이 기업의 부담을 가중시킬 것이라는 우려가 재계에서 나오고 있다.

대한상공회의소는 21일 '지방소득세 세무조사 관련 경제계 의견 건의문'에서 "전국 226개 시·군·구 지자체가 동시다발적으로 세무조사에 나선다면 다수 지자체에 사업장을 둔 기업은 경영상 상당한 차질이 불가피하다"며 정부와 국회에 제도 개선을 요청했다.

지난해 개정된 지방세법에 따라 올해(지난해 소득분)부터 법인이 내는 지방소득세 징수 기관이 국세청에서 시·군·구로 변경된다.

기업은 국세청에만 내던 재무상태표, 손익계산서 등의 부속서류는 물론 과세표준과 세액을 사업장 소재 지자체에 신고해야 하며 지자체는 제출받은 자료를 토대로 직접 세무조사를 할 수 있다.

상의는 "특정 기업이 전국 30개 지자체에 지사나 지점, 사업장을 두고 있다면 30개 지자체 모두가 세무조사를 할 수 있는 셈"이라며 "국세청과 지자체가 동일 과세표준에 대해 서로 다른 처분을 내릴 가능성도 배제할 수 없다"고 주장했다.

이는 '기업하기 좋은 환경'을 조성한다는 정부의 정책 방향과 맞지 않고 글로벌 입법 현황과도 괴리된 것인 만큼 수정이 필요하다고 지적했다.

상의는 "지자체에 별도 세무조사 권한 대신 법인세 결정·경정 청구권을 부여해야 한다"면서 개정 방향을 제시했다.

전수봉 대한상의 경제조사본부장은 "지방소득세 세무조사와 관련해 현재 부처 간 기업 부담 완화 방안을 협의 중인 것으로 알고 있다"면서 "기업이 과감한 투자와 일자리 창출에 적극 나서 경제활력을 높일 수 있는 세정환경을 조성해주기 바란다"고 밝혔다.