한국전자통신연구원 등 9개 정부출연연구기관이 민간기업과 계약한 1천600여억원대 기술료에 대해 부가가치세 신고를 누락했음에도 대전지방국세청이 적절한 조치를 취하지 않은 것으로 감사원 감사결과 드러났다.

감사원은 28일 이와 같은 내용을 담은 대전지방국세청 기관운영 감사 결과를 공개했다.

감사원에 따르면 대전지방국세청은 지난 2012년 충북 청주시 모 기업의 대표이사가 자기 지분을 초과하여 배정받은 신주인수권 106만여주를 행사하거나 양도하면서 발생한 증여이익 61억여원에 대해서 증여세 28억여원을 징수하지 않았다.

감사원은 증여세 28억여원을 징수하고, 업무 담당자에게 주의를 촉구하라고 대전지방국세청에 통보했다.

또 2009∼2014년 9개 정부출연 연구기관이 민간기업과 기술 사용 계약을 맺고 그 대가로 받은 기술료 1천623억여원에 대해 부가가치세 신고를 누락한 사실도 적발했다.

연구기관별 부가세 신고를 누락한 기술료 규모는 한국전자통신연구원 1천200억여원을 비롯해 한국기계연구원 76억여원, 한국지질자원연구원 56억여원, 한국생명공학연구원 43억여원 등이다.

이에 따라 감사원은 부가가치세를 징수하는 방안을 마련하라고 대전지방국세청에 권고했다.

뿐만아니라 대전지방국세청은 지난 2014년 다국적 기업의 한국 법인이 일본 법인으로 송금한 35억원에 대해 특수관계자 간 부당 행위로 판단했으면서도 세금을 징수하지 않았다.

감사원은 총 16건의 감사를 실시해 11건에 대해 시정을 통보했다.