예/규/통/첩

톤세적용 해운기업의 해운소득에 대한 기업소득 계산방법
(법인, 서면-2016-법령해석법인-2806 [법령해석과-1029] , 2016. 3. 30.)

<사실관계>
 ○일정 요건을 갖춘 해운기업은 일반적인 법인세 과세표준 계산방법에 불구하고 「조세특례제한법」 제104조의10에 의한 특례(이하, “톤세제도”)를 적용할 수 있으며, 이 경우 해운기업은 법인세 과세표준을 해운소득과 비해운소득으로 구분하여 같은 조 제1항에 따라 다음 금액의 합계(①＋②)(이하 “톤세제도 하의 소득금액”)로 산정함
① 해운소득에 대하여는 선박별로 다음 산식을 적용하여 계산한 개별선박표준이익의 합계액(이하, “선박표준이익”) 개별선박표준이익＝개별선박순톤수×톤당1운항일이익×운항일수×사용률
② 비해운소득에 대하여는 법인세법 제13조 내지 제54조의 규정에 의하여 계산한 금액

<질의>
톤세제도 적용 해운기업이 미환류소득에 대한 법인세를 계산할 때 해운소득에 대한 기업소득 계산방법

<회신>
귀 서면질의의 경우 기획재정부의 해석(기획재정부 법인세제과-312, 2016.3.30.)을 참조하시기 바람
○「조세특례제한법」 제104조의10에 따른 톤세제도를 적용하고 있는 해운기업의 해운소득은 「법인세법」 제13조에 따라 과세표준을 계산하는 것이 아니므로 「법인세법」 제56조를 적용하지 아니하는 것임

<참조조문>
법인세법 제56조
【기업의 미환류소득에 대한 법인세】
법인세법 시행령 제93조
【기업의 미환류소득에 대한 법인세】

<회신요지>
「조세특례제한법」 제104조의10에 따른 톤세제도를 적용하고 있는 해운기업의 해운소득은 「법인세법」 제13조에 따라 과세표준을 계산하는 것이 아니므로 「법인세법」 제56조를 적용하지 아니함

환지처분에 따라 토지 변경 시 양도로 볼 수 있는지 여부
(법인, 서면-2016-법인-2872 [법인세과-681] , 2016. 3. 25.)

<사실관계>
○질의법인의 공장 소재지와 그 주변지역은 2008.1월 「도시개발법」에 따라 도시개발구역으로 지정·고시되었고, 2009.4월 사업시행자가 작성한 도시개발사업 실시계획이 인가·고시되었음
 ○사업시행자는 상기 도시개발사업을 「도시개발법」 제21조에 따라 환지방식으로 시행할 계획이며, 질의법인은 환지 계획에 의해 종전의 토지를 제공하고 새로 조성된 토지를 취득할 예정임

<질의>
「도시개발법」에 따른 환지처분으로 토지가 변경되는 경우 양도로 볼 수 있는지 여부

<회신>
귀 질의의 경우 아래 회신사례를 참고하시기 바랍니다.
○내국법인이 도시정비구역안의 토지 등을 정비사업 시행자에게 제공하고 관리처분계획에 따라 정비사업 시행 후 새로이 조성된 건축물 등을 분양받는 경우에는 「소득세법」 제88조에 따라 양도에 해당하지 아니하므로 그 처분손익을 인식하지 아니하는 것이나, 환지받을 권리면적의 일부를 환지청산금으로 교부받는 경우에는 그 청산금을 실제로 수령하는 날이 속하는 사업연도에 익금으로 산입하여야 하는 것입니다.

<참조조문>
법인세법 시행령 제11조
【수익의 범위】

<회신요지>
관리처분계획에 따라 정비사업 시행 후 새로이 조성된 건축물 등을 분양받는 경우에는 「소득세법」제88조에 따라 양도에 해당하지 아니하므로 그 처분손익을 인식하지 아니하는 것임

법원판례

■ 개정 조세특례제한법 시행령 제2조 제2항 단서에 따라 그 유예기간을 적용하지 아니하는 ‘중소기업’에는 이미 ‘유예기간 중에 있는 기업’이 포함되지 않는다고 해석함이 타당함 (대법원 2016두33902, 2016. 8. 29.)

구 조세특례제한법(2013. 1. 1. 법률 제11614호로 개정되기 전의 것)은 제2장 제1절 등에서 중소기업에 대한 조세특례를 두고 있는데, 구 조세특례제한법 제5조의 위임에 따른 구 조세특례제한법 시행령(2010. 12. 30. 대통령령 제22583호로 개정되기 전의 것) 제2조 제1항은 그 적용 대상인 중소기업의 업종·규모·독립성 등 요건에 관하여 규정하고 있고, 제2항은 중소기업이 그 매출액이 1,000억원 이상인 경우와 같이 규모의 확대 등으로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 때에는 최초로 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도와 그다음 3개 과세연도까지는 중소기업으로 보는 유예기간에 대하여 규정하면서, 그 단서에서 그 유예기간을 적용하지 아니하는 제외 사유 중 하나로 ‘제1항 제3호의 규정에 의한 기업 외의 기업에 해당하는 경우(제3호)’를 들고 있음.

한편, 2012. 2. 2. 대통령령 제23590호로 개정된 조세특례제한법 시행령(이하 ‘개정 조세특례제한법 시행령’)은 제2조 제1항 제3호 후문에 구 중소기업기본법 시행령(2014. 4. 14. 대통령령 제25302호로 개정되기 전의 것) 제3조 제1항 제2호 다목의 ‘관계기업에 속하는 기업’에 대한 규정을 두어 ‘관계기업에 속하는 기업’들의 매출액 등의 합산 규모가 일정 요건을 충족하는 경우에 한하여 위 다목의 규정에 적합한 중소기업에 해당하는 것으로 보고 있음.

중소기업 유예기간 제도는 중소기업의 규모 확대나 법령상 기준 변경으로 인하여 중소기업에 해당하지 아니하게 되는 경우에도 조세정책적인 고려에서 일정 기간 세제혜택을 부여하는 것으로서, 이러한 제도의 취지와 연혁에 비추어 볼 때 이미 유예기간 중에 있는 기업에 대한 그 유예기간의 실효 여부는 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석함이 타당함. 그런데 개정 조세특례제한법 시행령은 ‘관계기업에 속하는 기업’에 대한 규정을 두어 중소기업의 요건으로 새로 인정하면서도, 이미 유예기간 중에 있는 기업이 ‘관계기업에 속하는 기업’으로서의 중소기업 요건을 충족하지 못하는 경우에 유예기간이 실효되는지 여부에 대하여는 아무런 규정을 두고 있지 아니함.

또한, 개정 조세특례제한법 시행령 제2조 제2항 단서 및 제2호는 ‘중소기업’과 ‘유예기간 중에 있는 기업’을 구분하여 사용하고 있는데 위 단서는 위 제2호 사유 외에는 ‘중소기업’이 각 호의 어느 하나의 사유로 ‘중소기업’에 해당하지 아니하게 된 경우를 ‘유예기간을 적용하지 아니하는 사유’로 명시하고 있으므로, 이러한 문언에 비추어 위 제2호 사유를 제외하고 ‘유예기간을 적용하지 아니하는 사유’에 대하여 정한 위 단서 규정을 이미 진행 중이던 유예기간의 실효 규정으로까지 해석하기는 어려움.

이러한 사정들에 비추어 앞에서 본 조세특례제한법령의 관련 규정들을 살펴보면, 개정 조세특례제한법 시행령 제2조 제2항 단서에 따라 그 유예기간을 적용하지 아니하는 ‘중소기업’에는 이미 ‘유예기간 중에 있는 기업’이 포함되지 않는다고 해석함이 타당함.

이러한 사실관계를 앞에서 본 규정과 법리에 비추어 살펴보면, 원고는 이미 2010 사업연도 매출액이 1,000억원을 초과하여 그때부터 2013 사업연도까지 중소기업 유예기간을 적용받고 있던 기업이므로 개정 조세특례제한법 시행령 시행으로 인하여 2012. 1. 1.부터 중소기업의 범위에서 제외되는 ‘관계기업에 속하는 기업’에 해당하더라도 여전히 그 유예기간이 적용된다고 할 것이고, 따라서 개정 조세특례제한법 시행령 제2조 제2항 단서 제3호에 의하여 원고에게 기존에 적용되던 중소기업 유예기간이 실효되었음을 전제로 한 이 사건 처분은 위법함.

세무사신문 제692호(2017.1.17)