예규통첩

물적분할로 승계한 고정자산의 취득가액 차이에 대한 신고조정에 따른 감가상각방법 (법인, 서면-2015-법령해석법인-2389 [법령해석과-743], 2016. 3. 11.)

 

<사실관계>

○ 분할법인 □□□(주)(이하“A법인”)는 2011.1.1. 갑사업부문과 을사업부문을물적분할하여 분할신설법인 △△△(주)(이하“B법인”)와 ▽▽▽(이하“C법인”)을 「법인세법」상 적격 물적분할의 요건을 갖추어 설립함

○ A법인과 B·C 법인은 「법인세법」(2011.12.31. 법률 제11128호로 개정된 것) 제46조제2항 각 호와 회계기준(K-IFRS)에 따라 분할사업부문의 자산을 기업회계상으로는 장부가액으로, 세무상으로는 시가로 승계하였으며, A법인은 「법인세법」 제47조제1항에 따라 분할양도차익 상당액을 익금산입하고, 같은 금액 상당액을 손금산입(압축기장충당금 설정) 하였음

○ 이 때, A법인은 특허권 및 상표권을 회계기준에 따라 별도 시가평가하지 않고, 장부가액인“0원”으로 분할신설법인에 승계하였고, 분할신설법인 B법인과 C법인은 이를“0원”으로 장부에 계상함

○ 그 후 A법인은 과세관청의 지적에 따라 위의 특허권과 상표권을 감정평가법인의 감정을 받아 시가로 평가하여 감정평가액 상당액을 분할양도차익(분할신설법인 주식)으로 추가 계상하고 물적분할 과세특례 규정에 따라 압축기장충당금을 추가 설정하는 수정신고함

<질의>

○ (질의1) B법인과 C법인이 A법인으로부터 승계한 특허권 및 상표권의시가와 장부에계상한 가액의 차이금액을 「법인세법 시행령」 제19조제5호의2에 따른 신고조정에 의하여 손금산입(감가상각)할 수 있는지 여부

○ (질의2) B법인과 C법인이 분할시점(2011.1.1.) 이후 2014년 사업연도말까지 손금에 산입하지 못한 위 특허권 및 상표권의 감가상각비에 대하여 2015년 사업연도부터 세법상 감가상각 관련 규정 및 「법인세법 시행령」 제19조제5호의2에 따라 신고조정으로 손금에 산입할 수 있는지 여부

<회신>

귀 서면질의의 경우, 내국법인이 특정사업부문을 적격물적분할하면서 K-IFRS에 따라 분할신설법인이 승계받은 특허권 및 상표권(이하“특허권 등”이라 함)의 취득가액을 분할법인의 장부가액으로 계상하였으나, 관할세무서장이 감정평가법인의 감정평가액을 동 특허권 등의 시가로 보아 분할법인의 양도차익을 경정결정하거나 또는 당해법인이 수정신고한 경우로서, 분할신설법인이 K-IFRS에 따라 장부에 계상한 특허권 등의 가액이 시가에 미달하는 경우 그 차액은「법인세법 시행령」 제19조제5호의2에 따라 감가상각 관련규정(같은 영 제24조 내지 제34조)을 준용하여 계산한 상각범위액 내에서 법인의 선택에 따라 해당 사업연도의 소득금액을 계산할 때 신고조정으로 손금에 산입할 수 있는 것임

<참조조문>

법인세법 시행령 제19조
【손비의 범위】

<회신요지>
분할신설법인이 K-IFRS에 따라 장부에 계상한 특허권 등의 가액이 시가에 미달하는 경우 그 차액은 감가상각 관련규정을 준용하여 계산한 상각범위액 내에서 법인의 선택에 따라 해당 사업연도의 소득금액을 계산할 때 신고조정으로 손금에 산입할 수 있는 것임


법원판례

■ 이 사건 수입세금계산서는 관세조사결과 명의대여 사실이 확인됨에 따라 당초 잘못 발급된 수입세금계산서를 취소하고 실제 수입자인 원고 앞으로 새로 발급한 수입세금계산서일 뿐이고, 이 사건 고시에 따라 수입신고서의 납세의무자를 착오로 잘못 신고한 경우 등에 한하여 발급되는 수정수입세금계산서에 해당하지 아니하고 또한 납부 연월일이 사실과 다른 세금계산서에 해당하여 그 매입세액은 매출세액에서 공제될 수 없음 (대법원 2016두39849, 2016. 10. 13.)

구 부가가치세법(2013. 6. 7. 법률 제11873호로 전부 개정되기 전의 것, 이하 ‘법’) 및 그 시행령(2013. 6. 28. 대통령령 제24638호로 전부 개정되기 전의 것, 이하 ‘시행령’)은, 수입되는 재화에 대하여 세관장이 발급하는 수입세금계산서의 기재사항은 일반적인 세금계산서의 필요적 기재사항을 정한 법 제16조 제1항을 준용하여 관세청장이 정하도록 하고 있음(법 제16조 제5항, 시행령 제56조).

그에 따라 관세청 고시인 ‘수입계산서 교부에 관한 고시’(이하 ‘이 사건 고시’)는, 관세청장이 교부하는 수입세금계산서는 거기에서 정한 서식에 의하도록 하고, 그 서식의 기재사항으로 세관의 등록번호와 명칭, 수입자의 등록번호와 상호 또는 성명, 과세표준과 세액 등과 함께 ‘납부 연월일’을 규정하고 있는데(제2조 제1항 및 별지 1호 서식), 그 ‘납부 연월일’은 일반적인 세금계산서의 경우 ‘작성 연월일’이 필요적 기재사항의 하나로 규정되어 있는 것에 대응하는 것임(법 제16조 제1항). 또한 법 제17조 제2항 제2호는 발급받은 세금계산서에 법령의 규정에 따른 필요적 기재사항의 전부 또는 일부가 사실과 다르게 적힌 경우의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다고 규정하면서, 다만 대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 공제할 수 있도록 하고 있고, 그 위임에 따라 시행령 제60조 제2항 제3호는 ‘재화 또는 용역의 공급시기 이후에 발급받은 세금계산서로서 해당 공급시기가 속하는 과세기간에 발급받은 경우’에는 공제가 허용되도록 하고 있음.

한편 재화를 수입할 때는 수입신고를 하고 그에 따른 부가가치세를 납부하여야 하므로, 재화의 수입에 관한 거래의 공급시기는 그에 대한 수입신고수리일임.

위와 같은 관련 법령의 규정 내용 등을 종합하여 보면, 수입거래가 아닌 일반적인 공급거래의 경우에, 부가가치세를 납부하고 발급받은 세금계산서의 실제 ‘작성 연월일’이 속한 과세기간과 재화의 공급시기가 속한 과세기간이 서로 다르면 그 세금계산서의 매입세액은 매출세액에서 공제될 수 없는 것과 마찬가지로(대법원 2004. 11. 18. 선고 2002두5771 전원합의체 판결), 수입거래에 따른 부가가치세를 납부한 시기가 실제 수입시기와 다르고, 나아가 수입세금계산서에 기재된 ‘납부 연월일’이 수입재화의 공급시기인 수입신고수리일과 동일한 과세기간에 속하지 아니하면, 특별한 사정이 없는 한 이는 사실과 다른 세금계산서에 해당하여 그 매입세액은 매출세액에서 공제될 수 없다고 할 것임.

원심판결 이유 및 원심이 인용한 제1심판결 이유에 의하면, ① ○○세관장은 원고에 대한 관세조사를 실시하여 2011년 2기분부터 2013년 1기분까지 AAAA 주식회사 등(이하 ‘AAAA 등’)의 명의로 중국산 남성용 의류를 수입한 거래의 실제 수입자를 원고로 판단하고, 당초 AAAA 등에게 발급한 수입세금계산서를 취소한 뒤, 2013. 11. 7. AAAA 등의 명의로 납부된 부가가치세를 원고의 기납부세액으로 공제하면서, 세관의 등록번호와 명칭, 과세표준 및 세액, 납부 연월일 등은 당초 발급한 수입세금계산서와 동일하고 수입자 부분만 원고의 등록번호와 상호 등으로 변경한 이 사건 수입세금계산서를 원고에게 발급한 사실, ② 원고는 피고에게 이 사건 수입세금계산서상의 매입세액이 해당 과세기간의 매출세액에서 공제되어야 한다고 주장하면서 부가가치세의 경정을 청구하였으나 피고가 이를 거부하는 이 사건 처분을 한 사실 등을 알 수 있음.

위와 같은 사실관계에 의하면, ○○세관장이 원고에게 발급한 이 사건 수입세금계산서는, 관세조사결과 명의대여 사실이 확인됨에 따라 당초 잘못 발급된 AAAA 등 명의의 수입세금계산서를 취소하고 실제 수입자인 원고 앞으로 새로 발급한 수입세금 계산서일 뿐이고, 이 사건 고시에 따라 수입신고서의 납세의무자를 착오로 잘못 신고한 경우 등에 한하여 발급되는 수정수입세금계산서에 해당하지 아니함.

또한 수입세금계산서의 ‘납부 연월일’이란 납세의무자가 해당 부가가치세를 자신의 명의로 납부한 일자를 의미하는데, AAAA 등의 명의로 부가가치세가 납부된 것은 세관에 대한 관계에서 원고가 납부한 것이라고 볼 수 없고, 이후 ○○세관장이 AAAA의 납부액을 기납부세액으로 공제 처리하였더라도 원고가 당초부터 해당 부가가치세를 납부한 것으로는 볼 수 없으므로, 원고가 재화의 수입신고수리일과 동일한 과세기간 내에 부가가치세를 납부하였다고 할 것은 아님.

따라서 이 사건 수입세금계산서는 납부 연월일이 사실과 다른 세금계산서에 해당하여 그 매입세액은 매출세액에서 공제될 수 없음.

원심의 판단은 그 이유 설시에 부적절한 부분이 있기는 하나, 이 사건 수입세금계산서에 따른 매입세액 공제가 허용될 수 없다고 본 결론은 정당함. 거기에 상고이유 주장과 같이 논리와 경험의 법칙에 반하여 자유심증주의 한계를 벗어나거나 사실과 다른 세금계산서 등에 관한 법리를 오해하여 판결에 영향을 미친 잘못이 없음.

세무사신문 제695호(2017.3.2)