수원시가 서울대 옛 농생명과학대학 수원캠퍼스에 취득세와 재산세 등으로 36억3천여만원의 세금을 부과한 것은 정당하다는 감사원의 판단이 나왔다.

서울대가 법인화하면서 부동산을 정부에서 무상 양여 받으면서 제기된 '세금폭탄' 우려가 현실화한 것이다.

감사원은 서울대학교 법인이 수원시 권선구청장의 취득세 등 부과처분을 취소해달라며 낸 심사청구를 기각한 것으로 17일 확인됐다.

서울대는 수원캠퍼스에 있던 농생대와 수의대를 2003년 서울 관악캠퍼스로 이전하고 나서 캠퍼스 부지를 매각하려 했지만 실패했다.

이후 2011년 12월 법인으로 전환하면서 수원캠퍼스 부지를 정부(교육부)로부터 무상 양도받은 것으로 정리했다.

관련법상 서울대가 이 부지를 교육업무에 사용하면 취득세와 재산세 등을 면제받을 수 있다. 하지만 서울대는 이 부지를 지역주민을 위한 문화예술전시관으로 운영하거나 산림체험 활동, 창업보육센터 등에 사용했다.

수원시는 2015년 6월 해당 부지에 대한 취득세·농어촌특별세·지방교육세·재산세 등으로 30억2천여만원, 2015년 7월 재산세·지방교육세·지역자원시설세 3억3천여만원, 2016년 7월 재산세·지방교육세·지역자원시설세 2억7천여만원 등 총 3차례에 걸쳐 36억3천여만원을 부과했다.

이에 서울대법인은 '국립대학법인 서울대학교 설립운영법'을 보면 서울대법인이 종전의 서울대 경영과 관련해 발생한 국가의 권리·의무를 포괄 승계한다고 규정돼 있어 비과세 지위를 넘겨받았다고 주장하며 감사원에 심사를 청구했다.

감사원은 수원시의 손을 들어줬다. 감사원은 "서울대 법인화법을 제정한 취지가 국가가 설립·운영하던 서울대를 독립법인화해 대학운영의 자율성과 책임성을 제고하기 위함이기에 청구인은 국가와 별개의 법인격을 갖는 것으로 봐야 한다"며 비과세 지위가 없다고 판단했다.

감사원은 또 "국가와 서울대법인이 부동산 무상양여계약을 하고 소유권이전 등기를 한 것은 '취득'에 해당해 취득세를 내야 한다"며 "해당 부동산을 교육목적에 사용하지 못한 정당한 사유가 있다는 주장도 받아들일 수 없다"고 판단했다.

감사원의 이번 판단에 따라 전국의 다른 지자체에서도 서울대법인이 보유한 미사용 부동산에 대해 세금을 부과할 가능성이 커졌다.

서울대는 서울 관악캠퍼스 외에 강원 평창의 그린바이오 연구단지를 비롯해 수원과 춘천 등지에 부동산을 보유하고 있다.

이런 일이 벌어지게 된 것은 지난 2010년 12월 서울대 법인화법 제정 과정에서 면세조항 등이 법안에 포함되지 않는 등 졸속으로 처리됐기 때문이라는 지적이 나온다.