민간사업자가 기숙사·식당 등을 지어 운영하다 대학에 기부할 때 국립대에만 취득·등록세를 면제해주고 있어 논란이 일고 있다. 교육인적자원부는 조세 형평성에 어긋난다며 사립대에도 국립대처럼 세금을 면제해주는 방안을 추진 중이고, 재정경제부는 난색을 표하고 있다.

 

3일 재경부와 교육부에 따르면 현행 민간투자법은 민간사업자가 BTO·BOT 방식으로 기숙사·식당 등을 지은 뒤 대학에 기부할 때 국립대는 시설 사용료에 대한 부가가치세에 영세율이 적용되지만 사립대는 부가세(10%)를 내야 한다.

소유권을 이전받는 대학 입장에서도 국립대는 취득·등록세가 면제되나 사립대는 2%의 세율로 취득·등록세를 내도록 돼 있다.

BTO는 건설(Build)·이전(Transfer)·운영(Operate)의 세 단어의 머리글자를 딴 용어로 민간이 자금을 투자해 시설을 지어 국가나 지방자치단체에 소유권을 이전한 뒤 일정기간 운영권을 갖는 것이며, BOT(Build·Operate·Transfer)는 민간이 시설을 지은 뒤 일정기간 운영하다 소유권을 국가에 넘겨주는 방식을 뜻한다.

교육부는 “똑같은 대학인데 국립대만 세제혜택을 받는 것은 조세 형평성에 어긋난다”며 “사립대도 국립대처럼 세금을 면제받을 수 있도록 재경부에 요청할 방침”이라고 말했다.

이에 대해 재경부는 “BTO·BOT 방식으로 국가나 지자체에 귀속 또는 기부채납을 조건으로 하는 시설은 취득·등록세, 부가세를 면제한다는 현행 지방세법(106조, 126조)과 조세특례제한법(105조)의 관련 조항 때문”이라고 설명했다.

재경부 관계자는 “사립대는 국립대와 달리 민간재단에 기부하는 것이어서 영세율 적용 대상이 아니다”라고 말했다.

이같은 문제가 대학과 지자체간의 소송으로까지 번진 사례도 있다.

경희대는 2003년 민간사업자가 지은 수원캠퍼스의 기숙사를 기부채납받는 과정에서 1억5천만원 가량의 세금이 부과되자 경기 용인시를 상대로 취득·등록세 부과처분 취소 소송을 제기해 1심과 2심에서 승소했다.

한편 재경부는 올해부터 종합투자계획의 일환으로 민간사업자가 시설을 지은 뒤 국가나 지자체에 소유권을 이전해 장기간 임대료를 받아 투자비를 회수하는 BTL(Build·Transfer·Lease) 방식도 BTO·BOT 방식처럼 국립대에만 부가세 영세율을 적용키로 해 세부담 형평성 논란이 계속될 전망이다.