5월달은 직전년도귀속 개인소득에 대하여 소득세과세표준 자진신고 및 납부를 해야 하는 달이다. 이번호에서는 종합소득세 신고시 유의할 사항을 요약했다. <편집자>

1. 금융소득 종합과세 제도
(1) 당연종합과세대상의 폐지

다음의 이자소득과 배당소득은 2003년까지는 당연종합과세대상이었으나 2004년 귀속분부터는 금융소득이 4,000만원을 초과하는 경우에만 종합과세된다.

①비영업대금의 이익 ②상장ㆍ등록법인의 대주주 배당 ③비상장ㆍ비등록법인의 배당

(2) 배당세액공제제도의 개선
배당세액공제가 있는 경우 결정세액은 ①종합소득산출세액 - 배당세액공제(19/100)과 ②(금융소득×원천징수세율) + (다른종합소득금액-종합소득공제) × 기본세율 중 큰 금액으로 한다(소법§ 15 2호 후단).

☞ 배당세액공제를 적용한 후의 결정세액은 금융소득분리과세방식에 의한 산출세액을 최저세액으로 함으로 인하여 이자소득이나 배당소득에 대한 원천납부세액이 환급되는 경우는 발생하지 않는다. 또한 배당세액공제신청서(소칙 별지 제10호) 상의 배당세액공제액은 개정된 배당세액공제방법이 반영되지 않아 실제 공제받는 금액이 달라질수 있으므로 제출하지 않고, 종합소득산출세액계산서(금융소득자용)[별지 제40호 서식(1) ]에 의하여 계산하여야 한다.

 

2. 주택임대소득비과세
(1) 임대주택 비과세 판정기준(2004년 귀속분)
(2) 고가주택 판정기준

주택수	비과세	과세
1주택 소유자	주택의 규모, 소재지역에 관계없이 주택임대소득 비과세	고가주택만 과세
2주택 소유자	주택의 규모, 소재지역에 관계없이 주택임대소득 비과세	고가주택만 과세
3주택이상 소유자		임대소득 모두 과세

 

①고가주택은 2004.12.31 또는 2004년 중 양도한 경우에는 양도일 현재의 기준시가에 의하여 판정한다. 따라서 실지취득가액이 6억원을 초과하거나 또는 실지양도가액이 6억원을 초과하는 경우에도 기준시가에 의해 판정한다. ②고가주택의 임대료에 대하여 소득세를 신고함에 있어서 고가주택의 해당 여부는 과세기간종료일 현재를 기준으로 하는 것이므로 과세기간 중에 고가주택에 해당되는 경우에도 그 과세기간 중에 발생한 임대료는 소득세과세대상에 해당된다(서일 46011-10156, 2002.2.4). 따라서 2004년의 경우 아파트의 기준시가가 2004.4.30 고시되었는 바, 이때 기준시가가 인상되어 새로이 고가주택에 해당된 경우 당해 주택의 월세는 고시일 이후부터 과세되는 것이 아니라 1월분부터 과세된다. 또한 2004. 6.30 토지 개별공시지가가 인상되어 새로이 고가주택이 된 단독주택이나 다가구주택도 또한 같다.

(3) 과세기간 중 주택을 취득함으로써 과세대상이 된 경우

2개 이하의 주택을 소유하고 임대하던 중 2004년도에 새로이 주택을 취득함으로써 과세대상이 된 경우(2주택:비과세 → 3주택:과세)에는 과세대상이 된 이후의 월세부터 과세된다. 

(4) 원룸임대주택 및 외국인 임대주택
①건축법상 다가구 주택인 원룸주택은 1개의 단독주택으로 보아 비과세여부를 판정하므로 구분된 가구수나 월임대료에 관계없이 위 기준에 따라 비과세여부를 판정한다. ②임차인이 외국인인 경우에도 내국인인 경우와 동일하게 판정한다.

 

3. 간주임대료의 계산
(1) 건설비상당액의 계산(소법 해석편람 25-3-6)
①1990.12.31 이전에 취득한 건물을 임대한 부동산임대사업자의 2001년 이후 귀속 간주임대료를 계산함에 있어 건설비상당액을 기준시가에 의하여 계산하는 경우 건물의 90년기준시가는 ‘국세청장이 산정고시하는 가액’을 기준으로 계산한다. 그러나 건설비상당액이 아닌 장부상 취득가액(감가상각기준금액)은 실제 취득가액이나 취득당시 기준시가(84.12.31 이전은 85.1.1 기준시가)를 적용하여야 한다. ②1991.1.1. 이후에 취득한 건물을 임대하고 2000년 과세기간까지 장부와 증빙에 의하여 종합소득세를 신고해 오고 있는 부동산임대사업자의 2001년 이후 귀속 간주임대료를 계산함에 있어 ‘임대부동산의 건설비상당액’은 ‘임대용부동산의 장부상 취득가액’으로 계산한다. 따라서 취득가액이 확인되지 아니하여 2000년 이전에 종전의 기준시가(지방세시가표준액)에 의하여 장부가액을 계상한 사업자는 2001년 이후에도 장부가액을 국세청기준시가로 수정할 수 없으며, 기존의 장부가액을 그대로 적용하여야 한다. ③1991.1.1 이후에 취득한 부동산으로 2000년 과세기간까지 계속 추계결정을 받아왔던 부동산임대사업자의 2001년 귀속 간주임대료를 계산함에 있어 ‘기준시가’를 적용하는 경우 건물의 기준시가는 ‘매년 1회 이상 국세청장이 산정고시하는 가액’을 기준으로 계산한다. 따라서 2004년에 최초로 기장하는 임대사업자는 취득당시의 국세청 기준시가를 장부가액으로 계상하고 이를 건설비상당액으로 공제할 수 있다(재경부소득46073-163, 2002.12.4).

(2) 정기예금이자율(국세청 고시 제2005-13, 2005.4.1)
  - 상반기(2004.1.1 ~ 2004.6.30) : 182일 ⇒  4.2%  
  - 하반기(2004.7.1 ~ 2004.12.31) : 184일 ⇒ 3.6%
  ☞ 상반기와 하반기의 이자율이 다르므로 상반기와 하반기의 보증금적수 및 건설비상당액 적수를 각각 계산하여 각각 의 간주임대료를 계산한 후 상ㆍ하반기 전체 간주임대료에서 2004년 보증금 운용수입을 차감한다.
   
4. 토지의 취득가액 계산
(1) 1984.12.31 이전에 취득한 토지의 취득가액산정
토지 등의 취득가액(장부가액)은 매입가액에 취득세ㆍ등록세 기타 부대비용을 가산한 금액으로 하되, 그 취득가액을 알 수 없는 경우에는 소득세법기본통칙 제39-21에 의하여 취득당시의 기준시가에 취득당시의 취득세ㆍ등록세상당액을 가산한 금액으로 하며, 이 경우 1984.12.31 이전에 취득한 토지는 1985.1.1.에 취득한 것으로 보아 그 당시의 기준시가를 적용한다(제도46011-10747, 2001.4.24.).

(2) 공동사업에 현물출자시 양도소득세과세 여부와 공동사업의 필요경비산입 여부
거주자가 공동사업(주택신축판매업 등)을 경영할 것을 약정하는 계약에 의해 토지 등을 당해 공동사업에 현물출자하는 경우에는 등기에 관계없이 현물출자한 날 또는 등기접수일 중 빠른 날에 당해 토지가 유상으로 양도된 것으로 보아 양도소득세가 과세되는 것이며, 공동사업자인 주택신축판매업자 또는 부동산매매업자의 사업소득금액을 계산함에 있어서 현물출자된 토지는 ‘공동사업에 현물출자한 당시의 가액’을 총수입금액에 대응하는 필요경비로 계산한다.(서일-715, 2004.5.31).
   
5. 기타자산의 취득가액 계산
취득가액을 확인할 수 없는 자산의 취득가액은 다음과 같이 계산한다(소통39-21).
① 차량ㆍ건설기계ㆍ건물의 특수부대설비(구축물을 포함)ㆍ선박ㆍ항공기ㆍ광업권ㆍ어업권 또는 임목의 경우 : 취득당시의 지방세법에 의한 과세시가표준액으로 평가한 가액에 취득당시의 지방세법에 의하여 계산한 등록세ㆍ취득세상당액을 가산한 금액

② 기타자산의 경우 : 취득가액＝평가하고자 하는 날 현재의 재취득가액 × 당초 취득일이 속하는 달의 생산자물가지수 / 평가하고자 하는 날이 속하는 달의 생산자물가지수
   
6. 부도어음과 시효완성된 채권의 대손금
인식방법

(1) 부도어음
부도발생일부터 6월 이상 경과한 수표 또는 어음상의 채권은 1천원을 공제한 금액을 대손금으로 필요경비에 산입할 수 있는바, 이때 대손금의 필요경비 계상은 반드시 결산조정에 의하여야 하며, 필요경비의 계상시기는 부도발생일로부터 6월이 경과한 날부터 어음에 대한 소멸시효가 완성되는 시점까지 당해 사업자의 필요에 따라 대손금으로 필요경비에 계상한 과세연도가 된다.

(2) 소멸시효가 완성된 채권
소멸시효가 완성되어 당해 채권에 대한 권리가 법적으로 소멸된 경우에는 반드시 소멸시효가 완성된 과세연도에만 필요경비에 산일할 수 있다. 따라서 결산상 필요경비로 계상하지 않은 경우에도 신고조정에 의하여 필요경비에 산입할 수 있으며, 과세표준확정신고시 필요경비에 산입하지 못한 경우에는 경정청구도 가능하다.

 

7. 사업주 본인의 건강보험료 및 국민연금
①국민건강보험법에 의한 직장가입자로서 부담하는 사용자 본인의 보험료는 2004.1.1 이후 납부의무가 발생하는 국민건강보험료 분부터 필요경비에 산입된다. 2003년 이전 과세기간의 소득금액 증가로 인하여 2003년 이전 과세기간의 건강보험료로서 2004.1.1 이후에 납부의무가 발생한 추가보험료는 추가로 납부할 금액이 확정된 날이 속하는 과세기간의 필요경비로 계상한다. ②직장가입자가 아닌 지역가입자의 건강보험료는 필요경비불산입되며, 사용자 본인에 대한 국민연금보험료는 직장가입자나 지역가입자 모두 필요경비불산입하고 연금보험료공제로 소득공제한다.

 

8. 2개 이상 사업장의 접대비한도액 계산
(1) 안분계산
  개인사업자의 접대비한도액 계산시 기본금액(1,200만원, 1,800만원)은 사업장별로 각각 적용하는 것이 아니라 한 거주자 전체에 대하여 적용된다. 따라서 사업장이 2이상인 경우에는 접대비 한도액계산시 기본한도는 사업장별로 수입금액에 비례하여 안분하여야 한다. 이때 중소기업의 해당여부는 주 업종(수입금액이 가장 큰 업종)에 의하여 판단하며, 추계신고하는 사업장의 수입금액은 없는 것으로 한다. 

(2) 사업장별 통산
2개 이상의 사업장에서 각 사업장별로 지출한 접대비가 접대비한도액에 미달하는 경우와 초과하는 경우가 각각 발생하는 때에는 그 미달하는 금액과 초과하는 금액은 이를 통산하지 아니한다.

(3) 공동사업장의 한도액 계산
사업자의 복수사업장 중 공동사업장이 있는 경우 당해 공동사업장은 별개의 1거주자로 본다. 따라서 단독사업장인 다른 사업장과 접대비한도액은 별도로 계산한다. 즉 공동사업장의 접대비한도액 계산 시 기본금액을 모두 적용한다. 그러나 구성원이 같은 공동사업장은 당해 공동사업장을 별도의 복수사업장으로 본다. 따라서 당해 공동사업장을 단독사업장인 복수사업장과 같이 기본한도액을 안분계산하고 시부인하여야 한다.

 

9. 기부금의 필요경비 산입 및 특별공제
(1) 지정기부금의 이월공제
법정기부금의 한도초과액은 이월공제가 허용되지 아니하나, 지정기부금의 필요경비 산입 한도액을 초과하는 금액은 당해 과세기간의 다음 과세기간의 개시일부터 3년 이내에 종료하는 각 과세기간에 이월하여 이를 필요경비로 산입할 수 있다. 그러나 사업자가 아닌 거주자는 당해 종합소득금액에서 공제를 받도록 하고 있기 때문에 소득공제를 하고 남은 지정기부금은 이월공제가 허용되지 아니한다.

(2) 정치자금의 세액공제
2004.3.12 이후 기부한 정치자금은 10만원까지는 세액에서 직접 공제한다. 따라서 정치자금을 필요경비에 계상하는 경우에는 10만원을 초과하는 금액만을 계상하여야 하며, 전액을 계상한 경우에는 10만원은 필요경비불산입하고 세액공제를 하여야 한다. 소득공제하는 경우에도 10만원을 초과하는 금액만을 공제한다.

 

10. 감가상각비의 필요경비산입 특례
(1) 상각범위액의 계산
감가상각특례자산에 대한 상각범위액은 당해 자산의 기준내용연수에 그 기준내용연수의 100분의 50을 가감한 내용연수(1년 미만은 없는 것으로 함)의 범위 안에서 거주자가 선택하여 납세지관할세무서장에게 신고한 내용연수 및 그에 따른 상각률에 의하여 계산한다. 감가상각특례자산에 대하여 자산별ㆍ업종별로 적용한 신고내용연수는 이후의 과세연도에 있어서도 계속하여 당해 내용연수를 적용하여야 한다.

(2) 최저한세의 적용
감가상각비 특례규정에 의하여 추가로 필요경비에 산입한 금액 최저한세의 적용대상이 된다.

(3) 중고자산 적용배제
중고자산을 취득한 경우에는 감가상각비 필요경비산입특례규정을 적용받을 수 없다(서이-74, 2005.1. 11). 따라서 부동산임대업자가 기존 건물을 매입하여 임대업을 영위하는 경우에는 적용되지 않는다.

 

11. 결손금 및 이월결손금 공제
(1) 추계소득과 결손금 및 이월결손금
①당해연도에 사업소득에서 발생한 결손금을 다른 사업장의 사업소득이나 다른 소득에서 공제할 경우에는 추계소득에서도 공제가 가능하다. ②이월결손금은 추계소득(기준경비율 또는 단순경비율에 의한 소득금액)에서 공제할 수 없다. 이때 사업자의 소득금액을 계산함에 있어서 당해연도에 추계조사결정하는 사업장에서 발생된 전년도의 이월결손금은 타사업장에서 발생한 기장된 소득금액에서 공제하지 아니한다(서일46011-10581, 2002.5.2).

(2) 경정청구에 의한 결손금소급공제
거주자가 당해 과세기간에 발생한 결손금에 대해 당초 과세표준신고시 결손금소급공제에 의한 환급을 신청하지 않고 이월공제를 선택한 후에 결손금처리방법을 바꾸어 결손금소급공제에 의한 환급을 신청하면서 경정청구할 수 없다(서삼46019-11199, 2002. 7.23). 즉 결손금소급공제세액 환급신청서를 제출하지 않은 경우에는 이월공제를 선택한 것으로 본다.

(3) 임대용 주택의 결손금 공제
2001년 귀속 분부터는 주택(당해 주택임대소득이 비과세소득인 경우는 제외)에 대하여는 보증금과 전세금만을 받은 경우에도 동 주택에 대한 감가상각비 등 비용은 부동산임대소득금액계산시 필요경비에 산입한다(서일46011-10842, 2002.6.25.).
  ☞ 전세로 임대를 한 과세대상 주택(아파트포함)의 경우 총수입금액은 ‘0’이 되나  건물감가상각비ㆍ재산세ㆍ종합토지세ㆍ건물수선비 등 제반 경비가 발생할 경우 필연적으로 결손금이 발생하며, 부동산임대소득에서 발생한 결손금은 다른 사업장의 부동산임대소득에서 공제할 수 있다. 
 
12. 공동사업장의 특례
(1) 공동사업장의 기장의무 등 판정
①사업자의 장부비치ㆍ기장의무를 판정함에 있어서 1거주자가 공동사업과 단독으로 영위하는 사업이 있는 경우 공동사업장의 장부비치ㆍ기장의무는 공동사업장의 총수입금액만을 기준으로 하여 판정하고 단독으로 경영하는 사업장에 대하여는 그 단독사업장의 총수입금액의 합계액을 기준으로 판정한다. 이는 기준경비율 적용대상자와 외부조정대상자를 판정하는 경우에도 동일하며, 접대비의 기본한도도 각각 적용된다. ②사업자가 구성원이 동일한 공동사업장이 여러 개인 경우에는 각 공동사업장의 직전연도 수입금액의 합계액으로 기장의무 등을 판단하는 것이며, 구성원이 다른 공동사업장은 단독사업장과 같이 별개의 사업장으로 본다.

(2) 공동사업 출자용 차입금의 지급이자
부동산임대소득, 사업소득, 산림소득이 있는 공동사업장에 대하여는 당해 공동사업장을 1사업자로 보아 소득금액을 계산하는 것이므로 공동사업자가 공동사업장에 출자하기 위하여 차입한 차입금의 지급이자는 공동사업장의 업무와 관련없는 경비로 필요경비불산입 한다(서일46011-11460, 2003.10.16.).

(3) 공동사업합산과세
①생계를 같이하는 특수관계인간의 공동사업 합산과세규정은 2004년귀속분까지 적용되며, 2005년귀속분부터는 위장 공동사업자 등 특정요건에 해당되는 경우에만 합산과세된다. ②특수관계자간에 지분이 동일한 경우는 공동사업소득 이외의 2004년도 종합소득금액이 가장 많은 자가 주된소득자가 됨으로 2004년귀속분의 주된소득자는 2003년과는 별도로 2004년도 종합소득금액을 기준으로 다시 판정해야 한다.
 
13. 소득공제
(1) 본인공제
본인공제 100만원은 자연인에 한하여 적용됨으로 ‘1거주자’로 보는 종친회 등 법인격 없는 단체에 대하여는 적용되지 않는다.

(2) 자녀양육비공제
6세 이하 자녀에 대한 공제는 2004년부터는 근로소득 뿐만 아니라 모든 종합소득에서 공제가 가능하며, 배우자가 있는 남성도 공제가 가능해졌다.

(3) 비거주자의 인적공제
비거주자는 인적공제 중 본인에 대한 기본공제, 본인에 대한 추가공제(경로우대자, 장애인, 부녀자공제) 및 소수공제자추가공제만이 적용된다.
 
14. 세액공제 및 감면
(1) 고용증대특별세액공제(조특법30의4, 조특령27의4)
① 대상업종 중 학원
세액공제가 배제되는 학원은 입시ㆍ검정 및 보충학습분야 학원으로써  초등학교ㆍ중학교 및 고등학교의 교육과정에 속하는 교과를 가르치는 학원(입시학원, 보습학원 등)만 배제된다.
  ☞ 공제대상학원 : 실업계고등학교의 전문교과과정 학원, 직업기술학원(디자인학원, 이ㆍ미용학원, 사진학원, 컴퓨터학원, 영화학원), 국제실무학원(외국어:어학,통역,번역)학원, 경영실무(부기, 속기, 속독, 경리, 주산, 보험, 부동산 학원 등), 예ㆍ체능학원 : 음악, 미술, 무용, 웅변, 화술, 서예, 바둑, 태권도학원 등

② 2004년 신규사업자
2004년에 신규로 사업을 개시한 사업자의 경우 다음에 해당하지 않는 사업자는 직전년도상시근로자를 ‘0’으로 보아 2004년 상시근로자 전원에 대하여 세액공제를 적용하고, 다음에 해당하는 사업자는 2004년에는 세액공제를 받을 수 없다.
 ㆍ사업의 양수를 통하여 종전의 사업을 승계하거나 종전의 사업에 사용되던 자산을 인수 또는 매입하여 동종의 사업을 영위하는 경우
 ㆍ폐업 후 사업을 다시 개시하여 폐업 전의 사업과 동종의 사업을 영위하는 경우
  ☞ 종전사업을 승계하거나 자산을 인수한 경우 승계 받은 종업원 외에 추가로 직원을 고용한 경우 추가로 늘어난 직원에 대하여도 2004년에는 공제받을 수 없다.

③ 상시근로자의 계산
(가) 상시근로자의 범위 : 다음의 근로자는 상시근로자에서 제외된다.
ⓐ외국인근로자(공제대상자인 ‘내국인근로자’에서 내국인은 근로기준법에 의한 내국인을 의       미하므로 조특법상 내국인인 ‘거주자’로 보면 않된다) ⓑ일용근로자, 비정규직근로자, 인턴사원, 수습사원 등 ⓒ대표자와 그 배우자 ⓓ대표자 및 배우자의 직계존비속과 그 배우자: 부모, 계부, 계모, 자녀, 며느리, 사위, 장인, 장모, 시부모 등 ⓔ대표자 및 배우자의 형제자매 : 처남, 처제, 처형, 시동생, 시누이 등(형제자매의 배우자 및 형제자매의 직계비속은 공제가능 : 형수, 제수, 형부, 제부, 동서, 처남댁, 조카 등) ⓕ근로소득세 원천징수, 국민연금 납부, 직장 건강보험료 납부의 세 가지 방법 중 어느 하나의 방법에 의해서도  확인되지 아니하는 자

(나) 상시근로자의 계산시 유의사항 : 최소고용기준 인원이 없다, 소수점이하도 절사하거나 반올림하지 않는다(고용유지인원수계산시는 절사), 증가인원에 한도는 없다, 매월 말일 상시근로자 계산시 말일에 퇴사한 직원은 제외된다, 폐업한 년도에는 공제할 수 없다.
④ 중복적용배제 등 : 각종 세액감면(창업중소기업세액감면, 고용창출형창업기업세액감면, 중소기업특별세액감면 등)과는 중복적용이 배제된다, 다른 세액공제(고용유지특별세액공제·임시투자세액공제·전자신고세액공제 등)와는 중복적용이 가능하다, 5년간 이월공제 되며, 농어촌특별세가 비과세된다, 추계과세시에는 공제되지 않는다 ⑤공제세액계산시 유의사항 : 2004년에는 최저한세가 적용되지 아니한다, 사업소득에 대한 소득세에서만 공제됨으로 부동산임대소득 등 다른 종합소득이 있는 경우에는 안분계산 한 사업소득 산출세액에서 공제한다.
  공제한도 = 종합소득산출세액 × 사업소득금액/종합소득
             금액  

    
(2) 수입금액증가 등 세액공제
①신용카드에 의한 수입금액에 대하여 조특법 제122조 제②항 제1호의 직전과세년도 수입금액 초과분에 대한 비율의 50%공제율을 선택한 경우 2004년 귀속분부터는 직전과세년도 종료일로부터 소급하여 1년 이상 계속하여 사업을 영위한 자의 요건이 적용된다. 따라서 2002.12.31. 이전에 개업한 사업자만 조특법 제122조 제②항 제1호의 직전과세년도 수입금액 초과분에 대한 비율의 50%공제율을 선택할 수 있다. ②수입금액증가세액공제액 계산방식 중 당해연도분에 대한 5%의 공제방법(조법122 ② 2호)을 선택한 경우에는 조특법122조 제⑤항의 당해연도 산출세액에서 직전년도 산출세액을 공제한 금액의 한도 규정을 적용받지 아니한다. 이 경우 서식[별지 제74호 (1)]의 오류로 한도를 적용받는 것으로 계산되니 주의를 요한다. ③학원사업자의 금융기관수납세액공제는 1월말 면세사업자 사업장현황신고시 ‘금융기관수납명세서’를 제출한 사업자에 한하여 적용된다.

(3) 임시투자세액공제
(가) 수도권과밀억제권역(산업단지 및 공업지역 제외) 안에서의 적용
①1989.12.31 이전 창업기업 : 중소기업 또는 비중소기업에 관계없이 대체투자 및 증설투자 모두 공제가능. 단, 의료기관은 중소기업에 한한다. ②1990.1.1 이후 창업기업 : 중소기업에 한하여 대체투자에 대하여만 공제가능하다.
(나) 수도권과밀억제권역 이외의 지역과 산업단지 및 공업단지 : 의료기관은 중소기업에 한하며 기타 업종은 중소기업 해당여부에 관계없이 대체투자 및 증설투자 모두 공제가능하다.
(다) 의료기관의 임시투자세액공제
①2004년부터는 의료법에 의한 의료기관으로서 중소기업만 공제대상이 된다. 의료기관이란 종합병원, 병원, 치과의원, 한방병원, 요양병원, 의원, 치과의원, 한의원 및 조산원을 말하며, 이중 개인의원, 치과의원 및 한의원은 임시투자세액공제는 적용되나 중소기업특별감면은 적용되지 않는다. ②89.12.31 이전에 수도권과밀억제권역 안에서 창업한 의료기관은 증설투자도 공제가능하며, 90.1.1이후에 창업한 의료기관은 대체투자만 공제가능하다. ③수도권과밀억제권역 이외의 지역과 산업단지 및 공업지역에 있는 의료기관은 창업년도에 관계없이 증설투자 및 대체투자에 대한 공제가 가능하다. ④ 공제대상 자산 : 의료기관이 당해 사업에 주로 사용하는 의료기기로서 렌트겐 또는 전자관을 사용하는 기기, 소독살균용 또는 수술용기기, 조제기기, 치과진료용 유닛트체어, 광학검사기기 등
  ☞ X-Ray, CT, MRI, 생화학분석기, 유방암검사기, 초음파진단기, 골밀도측정기, 혈액분석기, 위장조영촬영기 등
  ☞ 리스로 취득한 자산 중 금융리스로 취득한 자산 만 공제되고, 운용리스로 취득한 자산은  공제대상이 아니다.

(라) 대체투자의 범위
①대체투자란 공장 또는 사업장의 연면적이 증가되지 않거나, 고정자산의 수량이 증가되지 않는 투자를 말한다. 여기서 고정자산은 동일한 용도의 자산을 말하며 다른 용도의 자산이 증가하는 것은 증설투자에 해당된다. ②사업을 개시하면서 투자하는 것은 모두 증설투자에 해당되며, 사업개시 후 기존 사업용자산을 교체할 경우 대체투자에 해당된다.

 

③ 중고자산을 취득하는 경우에는 공제되지 않는다.
  ☞ 치과의원의 대체투자 적용예(서일-355, 2005.3.31)
  중소기업인 의료업자가 수도권과밀억제권역 안의 투자에 대한 조세감면배제(임시투자세액공제)와 관련하여, 1. 기존사업용자산(X-Ray)의 수량에는 변동이 없으면서 기능이 향상된 동일종류의 사업용자산으로 교체한 것은 조세특례제한법시행령 제124조 제1항의 증설투자에 해당하지 아니하므로 임시투자세액공제 가능한 것이며, 2.기존사업용자산(X-Ray) 1대를 폐기하고 전혀 다른 종류의 사업용자산(유닛체어) 1대를 구입한 것은 수량에는 변동이 없으나 기존사업용자산과 용도 또는 목적이 동일한 자산이 아닌 새로운 투자로 수도권과밀억제권역 안에서의 증설투자에 해당하는 것으로서 임시투자세액공제가 되지 아니하며, 3. 기존에 보유중인 노후된 사업용자산(유닛체어) 1대를 폐기처분하고 동일한 사업용자산(유닛체어) 2대를 새로 취득한 것은 1대는 대체투자로 또 다른 1대는 증설투자로 보아 수량이 증가된 1대에 대해서는 증설투자로 임시투자세액공제가 되지 아니하며, 4. 기존부터 사용해오던 사업용자산(유닛체어) 1대가 있었으나 실수로 장부에 계상하지 못한 상황에서 새로운 동일자산으로 교체한 것은 비록 장부상 수량은 증가하였으나 실제는 수량이 증가하지 않아 당초 장부상 계상하지 않은 사유와 구입사실 입증 및 실제 구입하여 업무에 사용해 온 사실 등이 확인된다면 대체투자로 보아 임시투자세액공제가 가능하며, 5. 기존의 치과의원을 포괄양수하여 신규개업하고 기존사업용자산(유닛체어)을 일정기간 사용 후 고장 등으로 사용해 오던 사업용자산(유닛체어)를 폐기하고 동일한 종류의 사업용자산(유닛체어)로 교체한 것은 수량이 증가하지 않은 대체투자로 임시투자세액공제가 가능한 것임.

(마) 공동사업자의 임시투자세액공제
공동사업장에서 임시투자세액공제 대상 투자를 한 경우에는 공동사업자별 지분에 따라 안분계산한 투자금액에 대하여 각 공동사업자별로 공제한다.

(4) 세무사의 전자신고세액공제
①2004년 중 2004.1.25과 2004.7.25 부가가치세 확정신고, 2004.3.31 법인세과세표준신고 또는 2004.5.31 소득세확정신고를 모두 전자신고한 거래처별 납세자 1인당 1만원을 공제한다. ②면세사업자인 거래처에 대하여는 공제되지 않는다.
③부가가치세와 소득세의 전자신고를 한 세무사가 다른 경우 소득세를 전자신고한 세무사가 공제받는다. ④2004년에는 최저한세가 적용되지 아니하며, 농특세가 비과세되고, 5년간 이월공제된다.

(5) 지급조서에 대한 세액공제(조특법104의5, 조특령 104의2)
①세무사의 지급조서에 대한 세액공제 최소금액 1만원은 ‘거래처별 1만원’이 아니고 ‘세무사(세무법인포함)별 1만원’ 이다.
  ☞ 거래처 100건, 지급조서건수 1000건일 경우 세액공제액 : 100원×1000명=100,000원임.

②근로소득 뿐만 아니라 사업소득ㆍ퇴직소득ㆍ기타소득 및 봉사료수입금액도 공제대상이 된다. ③ ‘지급조서전자제출공제세액명세서’와 ‘지급조서전자제출증사본’을 2005.6.10까지 수동제출하여야 한다. ④최저한세가 적용되지 아니하며, 농특세가 비과세되고, 5년간 이월공제된다.

(6) 투자세액공제와 감면의 중복적용
각종 투자세액공제와 중소기업특별감면 등 조특법상의 감면규정은 중복적용이 되지 아니한다. 그러나 이월된 공제세액과 세액감면은 중복적용이 가능하다.

(7) 중소기업특별세액감면
①부가가치세법 제32조의 2의 규정에 의한 신용카드의 사용에 따른 세액공제액은 당해 사업에서 발생한 소득이 아니므로 조세특례제한법 제7조의 중소기업특별세액감면대상 소득에 해당하지 아니한다.(서일46011-11427, 2003.10.9) ②직접 건설활동을 수행하지 않고 건설업체에 의뢰하여 주거용ㆍ비주거용건물을 건설하고 이를 분양ㆍ판매하여 한국표준산업분류상 부동산업 중 부동산공급업(7012)으로 분류되는 경우에는 조세특례제한법 제7조의 중소기업특별세액감면을 적용받을 수 없다(서이46012-11585, 2003.9.2). ③조세특례제한법 제7조의 중소기업에 대한 특별세액감면 적용시 당해사업에서 발생한 소득은 감면업종을 영위하는 사업의 소득을 합산해야 하며, 수도권내와 수도권이외의 지역에 사업장이 있는 경우 같은법 제7조 제1항 제2호의 감면비율은 각 사업장을 기준으로 각각 적용한다(서일46011-10977, 2003.7.22).

⑥ 겸업시 업종구분은 주업(수입금액이 큰 업종)을 기준으로 판단하며, 겸업자의 소기업판단은 다음과 같다.
  ⇒ 제조업(8명)과 도매업(5명) 겸영하는 경우
  ㆍ제조업의 수입금액이 많은 경우 ⇒ 소기업(주업종이 제조업이며 총 종업원수(13명)가 100명 미만이므로 소기업에 해당함)
 ㆍ도매업 수입금액이 많은 경우 ⇒ 소기업 아님(주업종이 도매업이며 총 종업원수(13)가 10명 이상이므로 소기업에 해당하지 않음) 

⑦ 관세사업은 물류산업 중 화물운송주선업으로 중소기업특별세액감면 대상 업종으로 사료되나 현재 국세청에서는 공식입장을 보류하고 있다.

⑧ 의료업 중 개인의원, 치과의원 및 한의원은 감면대상에서 제외된다.

(8) 고용창출형 창업기업에 대한 세액감면
2004.7.26 이후 창업한 사업자부터 감면대상이 된다, 수도권과밀억제권역 내 창업에 대하여도 감면대상이 된다, 다른 세액감면 및 투자세액공제와 중복적용이 배제된다, 최저한세의 적용이 배제된다, 농어촌특별세가 비과세된다, 추계과세시 또는 기장내용이 명백히 허위인 경우에는 감면이 배제된다, 경정시 부당과소신고소득에 대하여 감면이 배제된다.
 
15.  기준경비율 제도
(1) 기준경비율 적용대상자
기준경비율대상자의 판단은 사업장별로 하는 것이 아니라 기장의무와 마찬가지로 인별로 판단하는 것이므로 2이상 사업장이 있는 경우에는 모든 사업장의 수입금액을 모두 합산(업종이 2이상인 경우에는 주업종 수입금액으로 환산)하여 기준경비율 적용여부를 판단하여야 한다. 따라서 주사업장은 복식부기의무자로서 기장을 하고 일부 사업장을 추계 신고하는 경우 추계신고하는 일부 사업장은 기준경비율에 의하여 추계소득(한도:단순경비율의 1.5배)을 계산하여야 하며, 또한 무신고가산세가 적용된다.  

(2) 단순경비율 대상자의 기준경비율 신고
단순경비율 적용대상자는 기준경비율에 의하여 추계소득금액을 계산할 수 있다.
 
16. 기장의무 판정시 수입금액의 계산
(1) 직전년도 신규사업자(2003년 개업자)
수입금액을 연간 환산하지 아니하고 당해 사업장의 수입금액 그 자체로 판단한다( 2003년 귀속분까지는 수입금액을 연간으로 환산하였음).

(2) 직전연도(2003년)에 사업의 일부를 폐지한 경우
2이상의 사업장을 가진 사업자가 일부 사업장을 폐업한 경우 및 1개사업장에 2이상의 사업을 겸업하고 있는 사업자가 일부 사업을 폐지한 경우 일부 사업의 폐지 여부와 관계없이 직전연도에 발생한 실제수입금액의 합계액으로 기장의무를 판단한다.(2003년귀속 기장의무 판정 시에는 폐업한 사업의 수입금액은 이를 직전년도수입금액에 포함하지 아니하였다)

(3) 직전연도에 폐업 후 당해연도에 신규로 사업자등록을 한 경우
사업자등록의 신규, 휴·폐업 및 업종에 관계없이 직전연도 실제 발생 수입금액(겸업 또는 사업장이 2이상인 경우 주업종으로 환산)으로 판단한다.

 

1. 금융소득 종합과세 제도
(1) 당연종합과세대상의 폐지
다음의 이자소득과 배당소득은 2003년까지는 당연종합과세대상이었으나 2004년 귀속분부터는 금융소득이 4,000만원을 초과하는 경우에만 종합과세된다.
①비영업대금의 이익 ②상장ㆍ등록법인의 대주주 배당 ③비상장ㆍ비등록법인의 배당

(2) 배당세액공제제도의 개선
배당세액공제가 있는 경우 결정세액은 ①종합소득산출세액 - 배당세액공제(19/100)과 ②(금융소득×원천징수세율) + (다른종합소득금액-종합소득공제) × 기본세율 중 큰 금액으로 한다(소법§ 15 2호 후단).
  ☞ 배당세액공제를 적용한 후의 결정세액은 금융소득분리과세방식에 의한 산출세액을 최저세액으로 함으로 인하여 이자소득이나 배당소득에 대한 원천납부세액이 환급되는 경우는 발생하지 않는다. 또한 배당세액공제신청서(소칙 별지 제10호) 상의 배당세액공제액은 개정된 배당세액공제방법이 반영되지 않아 실제 공제받는 금액이 달라질수 있으므로 제출하지 않고, 종합소득산출세액계산서(금융소득자용)[별지 제40호 서식(1) ]에 의하여 계산하여야 한다.

 

2. 주택임대소득비과세
(1) 임대주택 비과세 판정기준(2004년 귀속분)
(2) 고가주택 판정기준
①고가주택은 2004.12.31 또는 2004년 중 양도한 경우에는 양도일 현재의 기준시가에 의하여 판정한다. 따라서 실지취득가액이 6억원을 초과하거나 또는 실지양도가액이 6억원을 초과하는 경우에도 기준시가에 의해 판정한다. ②고가주택의 임대료에 대하여 소득세를 신고함에 있어서 고가주택의 해당 여부는 과세기간종료일 현재를 기준으로 하는 것이므로 과세기간 중에 고가주택에 해당되는 경우에도 그 과세기간 중에 발생한 임대료는 소득세과세대상에 해당된다(서일 46011-10156, 2002.2.4). 따라서 2004년의 경우 아파트의 기준시가가 2004.4.30 고시되었는 바, 이때 기준시가가 인상되어 새로이 고가주택에 해당된 경우 당해 주택의 월세는 고시일 이후부터 과세되는 것이 아니라 1월분부터 과세된다. 또한 2004. 6.30 토지 개별공시지가가 인상되어 새로이 고가주택이 된 단독주택이나 다가구주택도 또한 같다.

(3) 과세기간 중 주택을 취득함으로써 과세대상이 된 경우
2개 이하의 주택을 소유하고 임대하던 중 2004년도에 새로이 주택을 취득함으로써 과세대상이 된 경우(2주택:비과세 → 3주택:과세)에는 과세대상이 된 이후의 월세부터 과세된다. 

(4) 원룸임대주택 및 외국인 임대주택
①건축법상 다가구 주택인 원룸주택은 1개의 단독주택으로 보아 비과세여부를 판정하므로 구분된 가구수나 월임대료에 관계없이 위 기준에 따라 비과세여부를 판정한다. ②임차인이 외국인인 경우에도 내국인인 경우와 동일하게 판정한다.

 

3. 간주임대료의 계산
(1) 건설비상당액의 계산(소법 해석편람 25-3-6)
①1990.12.31 이전에 취득한 건물을 임대한 부동산임대사업자의 2001년 이후 귀속 간주임대료를 계산함에 있어 건설비상당액을 기준시가에 의하여 계산하는 경우 건물의 90년기준시가는 ‘국세청장이 산정고시하는 가액’을 기준으로 계산한다. 그러나 건설비상당액이 아닌 장부상 취득가액(감가상각기준금액)은 실제 취득가액이나 취득당시 기준시가(84.12.31 이전은 85.1.1 기준시가)를 적용하여야 한다. ②1991.1.1. 이후에 취득한 건물을 임대하고 2000년 과세기간까지 장부와 증빙에 의하여 종합소득세를 신고해 오고 있는 부동산임대사업자의 2001년 이후 귀속 간주임대료를 계산함에 있어 ‘임대부동산의 건설비상당액’은 ‘임대용부동산의 장부상 취득가액’으로 계산한다. 따라서 취득가액이 확인되지 아니하여 2000년 이전에 종전의 기준시가(지방세시가표준액)에 의하여 장부가액을 계상한 사업자는 2001년 이후에도 장부가액을 국세청기준시가로 수정할 수 없으며, 기존의 장부가액을 그대로 적용하여야 한다. ③1991.1.1 이후에 취득한 부동산으로 2000년 과세기간까지 계속 추계결정을 받아왔던 부동산임대사업자의 2001년 귀속 간주임대료를 계산함에 있어 ‘기준시가’를 적용하는 경우 건물의 기준시가는 ‘매년 1회 이상 국세청장이 산정고시하는 가액’을 기준으로 계산한다. 따라서 2004년에 최초로 기장하는 임대사업자는 취득당시의 국세청 기준시가를 장부가액으로 계상하고 이를 건설비상당액으로 공제할 수 있다(재경부소득46073-163, 2002.12.4).

(2) 정기예금이자율(국세청 고시 제2005-13, 2005.4.1)
  - 상반기(2004.1.1 ~ 2004.6.30) : 182일 ⇒  4.2%  
  - 하반기(2004.7.1 ~ 2004.12.31) : 184일 ⇒ 3.6%
  ☞ 상반기와 하반기의 이자율이 다르므로 상반기와 하반기의 보증금적수 및 건설비상당액 적수를 각각 계산하여 각각 의 간주임대료를 계산한 후 상ㆍ하반기 전체 간주임대료에서 2004년 보증금 운용수입을 차감한다.
   
4. 토지의 취득가액 계산
(1) 1984.12.31 이전에 취득한 토지의 취득가액산정
토지 등의 취득가액(장부가액)은 매입가액에 취득세ㆍ등록세 기타 부대비용을 가산한 금액으로 하되, 그 취득가액을 알 수 없는 경우에는 소득세법기본통칙 제39-21에 의하여 취득당시의 기준시가에 취득당시의 취득세ㆍ등록세상당액을 가산한 금액으로 하며, 이 경우 1984.12.31 이전에 취득한 토지는 1985.1.1.에 취득한 것으로 보아 그 당시의 기준시가를 적용한다(제도46011-10747, 2001.4.24.).

  (2) 공동사업에 현물출자시 양도소득세과세 여부와 공동사업의 필요경비산입 여부
거주자가 공동사업(주택신축판매업 등)을 경영할 것을 약정하는 계약에 의해 토지 등을 당해 공동사업에 현물출자하는 경우에는 등기에 관계없이 현물출자한 날 또는 등기접수일 중 빠른 날에 당해 토지가 유상으로 양도된 것으로 보아 양도소득세가 과세되는 것이며, 공동사업자인 주택신축판매업자 또는 부동산매매업자의 사업소득금액을 계산함에 있어서 현물출자된 토지는 ‘공동사업에 현물출자한 당시의 가액’을 총수입금액에 대응하는 필요경비로 계산한다.(서일-715, 2004.5.31).
   
  5. 기타자산의 취득가액 계산
취득가액을 확인할 수 없는 자산의 취득가액은 다음과 같이 계산한다(소통39-21).
① 차량ㆍ건설기계ㆍ건물의 특수부대설비(구축물을 포함)ㆍ선박ㆍ항공기ㆍ광업권ㆍ어업권 또는 임목의 경우 : 취득당시의 지방세법에 의한 과세시가표준액으로 평가한 가액에 취득당시의 지방세법에 의하여 계산한 등록세ㆍ취득세상당액을 가산한 금액
② 기타자산의 경우 : 취득가액＝평가하고자 하는 날 현재의 재취득가액 × 당초 취득일이 속하는 달의 생산자물가지수 / 평가하고자 하는 날이 속하는 달의 생산자물가지수
   
6. 부도어음과 시효완성된 채권의 대손금
인식방법

(1) 부도어음
부도발생일부터 6월 이상 경과한 수표 또는 어음상의 채권은 1천원을 공제한 금액을 대손금으로 필요경비에 산입할 수 있는바, 이때 대손금의 필요경비 계상은 반드시 결산조정에 의하여야 하며, 필요경비의 계상시기는 부도발생일로부터 6월이 경과한 날부터 어음에 대한 소멸시효가 완성되는 시점까지 당해 사업자의 필요에 따라 대손금으로 필요경비에 계상한 과세연도가 된다.

(2) 소멸시효가 완성된 채권
소멸시효가 완성되어 당해 채권에 대한 권리가 법적으로 소멸된 경우에는 반드시 소멸시효가 완성된 과세연도에만 필요경비에 산일할 수 있다. 따라서 결산상 필요경비로 계상하지 않은 경우에도 신고조정에 의하여 필요경비에 산입할 수 있으며, 과세표준확정신고시 필요경비에 산입하지 못한 경우에는 경정청구도 가능하다.

 

7. 사업주 본인의 건강보험료 및 국민연금
①국민건강보험법에 의한 직장가입자로서 부담하는 사용자 본인의 보험료는 2004.1.1 이후 납부의무가 발생하는 국민건강보험료 분부터 필요경비에 산입된다. 2003년 이전 과세기간의 소득금액 증가로 인하여 2003년 이전 과세기간의 건강보험료로서 2004.1.1 이후에 납부의무가 발생한 추가보험료는 추가로 납부할 금액이 확정된 날이 속하는 과세기간의 필요경비로 계상한다. ②직장가입자가 아닌 지역가입자의 건강보험료는 필요경비불산입되며, 사용자 본인에 대한 국민연금보험료는 직장가입자나 지역가입자 모두 필요경비불산입하고 연금보험료공제로 소득공제한다.

 

8. 2개 이상 사업장의 접대비한도액 계산 
(1) 안분계산
개인사업자의 접대비한도액 계산시 기본금액(1,200만원, 1,800만원)은 사업장별로 각각 적용하는 것이 아니라 한 거주자 전체에 대하여 적용된다. 따라서 사업장이 2이상인 경우에는 접대비 한도액계산시 기본한도는 사업장별로 수입금액에 비례하여 안분하여야 한다. 이때 중소기업의 해당여부는 주 업종(수입금액이 가장 큰 업종)에 의하여 판단하며, 추계신고하는 사업장의 수입금액은 없는 것으로 한다. 

(2) 사업장별 통산
2개 이상의 사업장에서 각 사업장별로 지출한 접대비가 접대비한도액에 미달하는 경우와 초과하는 경우가 각각 발생하는 때에는 그 미달하는 금액과 초과하는 금액은 이를 통산하지 아니한다.

(3) 공동사업장의 한도액 계산
사업자의 복수사업장 중 공동사업장이 있는 경우 당해 공동사업장은 별개의 1거주자로 본다. 따라서 단독사업장인 다른 사업장과 접대비한도액은 별도로 계산한다. 즉 공동사업장의 접대비한도액 계산 시 기본금액을 모두 적용한다. 그러나 구성원이 같은 공동사업장은 당해 공동사업장을 별도의 복수사업장으로 본다. 따라서 당해 공동사업장을 단독사업장인 복수사업장과 같이 기본한도액을 안분계산하고 시부인하여야 한다.

 

9. 기부금의 필요경비 산입 및 특별공제
(1) 지정기부금의 이월공제
법정기부금의 한도초과액은 이월공제가 허용되지 아니하나, 지정기부금의 필요경비 산입 한도액을 초과하는 금액은 당해 과세기간의 다음 과세기간의 개시일부터 3년 이내에 종료하는 각 과세기간에 이월하여 이를 필요경비로 산입할 수 있다. 그러나 사업자가 아닌 거주자는 당해 종합소득금액에서 공제를 받도록 하고 있기 때문에 소득공제를 하고 남은 지정기부금은 이월공제가 허용되지 아니한다.

(2) 정치자금의 세액공제
2004.3.12 이후 기부한 정치자금은 10만원까지는 세액에서 직접 공제한다. 따라서 정치자금을 필요경비에 계상하는 경우에는 10만원을 초과하는 금액만을 계상하여야 하며, 전액을 계상한 경우에는 10만원은 필요경비불산입하고 세액공제를 하여야 한다. 소득공제하는 경우에도 10만원을 초과하는 금액만을 공제한다.

 

10. 감가상각비의 필요경비산입 특례
(1) 상각범위액의 계산
감가상각특례자산에 대한 상각범위액은 당해 자산의 기준내용연수에 그 기준내용연수의 100분의 50을 가감한 내용연수(1년 미만은 없는 것으로 함)의 범위 안에서 거주자가 선택하여 납세지관할세무서장에게 신고한 내용연수 및 그에 따른 상각률에 의하여 계산한다. 감가상각특례자산에 대하여 자산별ㆍ업종별로 적용한 신고내용연수는 이후의 과세연도에 있어서도 계속하여 당해 내용연수를 적용하여야 한다.

(2) 최저한세의 적용
감가상각비 특례규정에 의하여 추가로 필요경비에 산입한 금액 최저한세의 적용대상이 된다.

(3) 중고자산 적용배제
중고자산을 취득한 경우에는 감가상각비 필요경비산입특례규정을 적용받을 수 없다(서이-74, 2005.1. 11). 따라서 부동산임대업자가 기존 건물을 매입하여 임대업을 영위하는 경우에는 적용되지 않는다.

 

11. 결손금 및 이월결손금 공제
(1) 추계소득과 결손금 및 이월결손금
①당해연도에 사업소득에서 발생한 결손금을 다른 사업장의 사업소득이나 다른 소득에서 공제할 경우에는 추계소득에서도 공제가 가능하다. ②이월결손금은 추계소득(기준경비율 또는 단순경비율에 의한 소득금액)에서 공제할 수 없다. 이때 사업자의 소득금액을 계산함에 있어서 당해연도에 추계조사결정하는 사업장에서 발생된 전년도의 이월결손금은 타사업장에서 발생한 기장된 소득금액에서 공제하지 아니한다(서일46011-10581, 2002.5.2).

(2) 경정청구에 의한 결손금소급공제
거주자가 당해 과세기간에 발생한 결손금에 대해 당초 과세표준신고시 결손금소급공제에 의한 환급을 신청하지 않고 이월공제를 선택한 후에 결손금처리방법을 바꾸어 결손금소급공제에 의한 환급을 신청하면서 경정청구할 수 없다(서삼46019-11199, 2002. 7.23). 즉 결손금소급공제세액 환급신청서를 제출하지 않은 경우에는 이월공제를 선택한 것으로 본다.

(3) 임대용 주택의 결손금 공제
2001년 귀속 분부터는 주택(당해 주택임대소득이 비과세소득인 경우는 제외)에 대하여는 보증금과 전세금만을 받은 경우에도 동 주택에 대한 감가상각비 등 비용은 부동산임대소득금액계산시 필요경비에 산입한다(서일46011-10842, 2002.6.25.).
  ☞ 전세로 임대를 한 과세대상 주택(아파트포함)의 경우 총수입금액은 ‘0’이 되나  건물감가상각비ㆍ재산세ㆍ종합토지세ㆍ건물수선비 등 제반 경비가 발생할 경우 필연적으로 결손금이 발생하며, 부동산임대소득에서 발생한 결손금은 다른 사업장의 부동산임대소득에서 공제할 수 있다. 
 
12. 공동사업장의 특례
(1) 공동사업장의 기장의무 등 판정
①사업자의 장부비치ㆍ기장의무를 판정함에 있어서 1거주자가 공동사업과 단독으로 영위하는 사업이 있는 경우 공동사업장의 장부비치ㆍ기장의무는 공동사업장의 총수입금액만을 기준으로 하여 판정하고 단독으로 경영하는 사업장에 대하여는 그 단독사업장의 총수입금액의 합계액을 기준으로 판정한다. 이는 기준경비율 적용대상자와 외부조정대상자를 판정하는 경우에도 동일하며, 접대비의 기본한도도 각각 적용된다. ②사업자가 구성원이 동일한 공동사업장이 여러 개인 경우에는 각 공동사업장의 직전연도 수입금액의 합계액으로 기장의무 등을 판단하는 것이며, 구성원이 다른 공동사업장은 단독사업장과 같이 별개의 사업장으로 본다.

 

(2) 공동사업 출자용 차입금의 지급이자
부동산임대소득, 사업소득, 산림소득이 있는 공동사업장에 대하여는 당해 공동사업장을 1사업자로 보아 소득금액을 계산하는 것이므로 공동사업자가 공동사업장에 출자하기 위하여 차입한 차입금의 지급이자는 공동사업장의 업무와 관련없는 경비로 필요경비불산입 한다(서일46011-11460, 2003.10.16.).

(3) 공동사업합산과세
①생계를 같이하는 특수관계인간의 공동사업 합산과세규정은 2004년귀속분까지 적용되며, 2005년귀속분부터는 위장 공동사업자 등 특정요건에 해당되는 경우에만 합산과세된다. ②특수관계자간에 지분이 동일한 경우는 공동사업소득 이외의 2004년도 종합소득금액이 가장 많은 자가 주된소득자가 됨으로 2004년귀속분의 주된소득자는 2003년과는 별도로 2004년도 종합소득금액을 기준으로 다시 판정해야 한다.
  
13. 소득공제
(1) 본인공제
본인공제 100만원은 자연인에 한하여 적용됨으로 ‘1거주자’로 보는 종친회 등 법인격 없는 단체에 대하여는 적용되지 않는다.

(2) 자녀양육비공제
6세 이하 자녀에 대한 공제는 2004년부터는 근로소득 뿐만 아니라 모든 종합소득에서 공제가 가능하며, 배우자가 있는 남성도 공제가 가능해졌다.

(3) 비거주자의 인적공제
비거주자는 인적공제 중 본인에 대한 기본공제, 본인에 대한 추가공제(경로우대자, 장애인, 부녀자공제) 및 소수공제자추가공제만이 적용된다.
  
14. 세액공제 및 감면
(1) 고용증대특별세액공제(조특법30의4, 조특령27의4)
① 대상업종 중 학원
세액공제가 배제되는 학원은 입시ㆍ검정 및 보충학습분야 학원으로써  초등학교ㆍ중학교 및 고등학교의 교육과정에 속하는 교과를 가르치는 학원(입시학원, 보습학원 등)만 배제된다.
  ☞ 공제대상학원 : 실업계고등학교의 전문교과과정 학원, 직업기술학원(디자인학원, 이ㆍ미용학원, 사진학원, 컴퓨터학원, 영화학원), 국제실무학원(외국어:어학,통역,번역)학원, 경영실무(부기, 속기, 속독, 경리, 주산, 보험, 부동산 학원 등), 예ㆍ체능학원 : 음악, 미술, 무용, 웅변, 화술, 서예, 바둑, 태권도학원 등

② 2004년 신규사업자
2004년에 신규로 사업을 개시한 사업자의 경우 다음에 해당하지 않는 사업자는 직전년도상시근로자를 ‘0’으로 보아 2004년 상시근로자 전원에 대하여 세액공제를 적용하고, 다음에 해당하는 사업자는 2004년에는 세액공제를 받을 수 없다.
 ㆍ사업의 양수를 통하여 종전의 사업을 승계하거나 종전의 사업에 사용되던 자산을 인수 또는 매입하여 동종의 사업을 영위하는 경우
 ㆍ폐업 후 사업을 다시 개시하여 폐업 전의 사업과 동종의 사업을 영위하는 경우
  ☞ 종전사업을 승계하거나 자산을 인수한 경우 승계 받은 종업원 외에 추가로 직원을 고용한 경우 추가로 늘어난 직원에 대하여도 2004년에는 공제받을 수 없다.

③ 상시근로자의 계산

(가) 상시근로자의 범위 : 다음의 근로자는 상시근로자에서 제외된다.
ⓐ외국인근로자(공제대상자인 ‘내국인근로자’에서 내국인은 근로기준법에 의한 내국인을 의       미하므로 조특법상 내국인인 ‘거주자’로 보면 않된다) ⓑ일용근로자, 비정규직근로자, 인턴사원, 수습사원 등 ⓒ대표자와 그 배우자 ⓓ대표자 및 배우자의 직계존비속과 그 배우자: 부모, 계부, 계모, 자녀, 며느리, 사위, 장인, 장모, 시부모 등 ⓔ대표자 및 배우자의 형제자매 : 처남, 처제, 처형, 시동생, 시누이 등(형제자매의 배우자 및 형제자매의 직계비속은 공제가능 : 형수, 제수, 형부, 제부, 동서, 처남댁, 조카 등) ⓕ근로소득세 원천징수, 국민연금 납부, 직장 건강보험료 납부의 세 가지 방법 중 어느 하나의 방법에 의해서도  확인되지 아니하는 자

(나) 상시근로자의 계산시 유의사항 : 최소고용기준 인원이 없다, 소수점이하도 절사하거나 반올림하지 않는다(고용유지인원수계산시는 절사), 증가인원에 한도는 없다, 매월 말일 상시근로자 계산시 말일에 퇴사한 직원은 제외된다, 폐업한 년도에는 공제할 수 없다. 

④ 중복적용배제 등 : 각종 세액감면(창업중소기업세액감면, 고용창출형창업기업세액감면, 중소기업특별세액감면 등)과는 중복적용이 배제된다, 다른 세액공제(고용유지특별세액공제·임시투자세액공제·전자신고세액공제 등)와는 중복적용이 가능하다, 5년간 이월공제 되며, 농어촌특별세가 비과세된다, 추계과세시에는 공제되지 않는다 ⑤공제세액계산시 유의사항 : 2004년에는 최저한세가 적용되지 아니한다, 사업소득에 대한 소득세에서만 공제됨으로 부동산임대소득 등 다른 종합소득이 있는 경우에는 안분계산 한 사업소득 산출세액에서 공제한다.
  공제한도 = 종합소득산출세액 × 사업소득금액/종합소득
             금액      

(2) 수입금액증가 등 세액공제
①신용카드에 의한 수입금액에 대하여 조특법 제122조 제②항 제1호의 직전과세년도 수입금액 초과분에 대한 비율의 50%공제율을 선택한 경우 2004년 귀속분부터는 직전과세년도 종료일로부터 소급하여 1년 이상 계속하여 사업을 영위한 자의 요건이 적용된다. 따라서 2002.12.31. 이전에 개업한 사업자만 조특법 제122조 제②항 제1호의 직전과세년도 수입금액 초과분에 대한 비율의 50%공제율을 선택할 수 있다. ②수입금액증가세액공제액 계산방식 중 당해연도분에 대한 5%의 공제방법(조법122 ② 2호)을 선택한 경우에는 조특법122조 제⑤항의 당해연도 산출세액에서 직전년도 산출세액을 공제한 금액의 한도 규정을 적용받지 아니한다. 이 경우 서식[별지 제74호 (1)]의 오류로 한도를 적용받는 것으로 계산되니 주의를 요한다. ③학원사업자의 금융기관수납세액공제는 1월말 면세사업자 사업장현황신고시 ‘금융기관수납명세서’를 제출한 사업자에 한하여 적용된다.

(3) 임시투자세액공제
(가) 수도권과밀억제권역(산업단지 및 공업지역 제외) 안에서의 적용
①1989.12.31 이전 창업기업 : 중소기업 또는 비중소기업에 관계없이 대체투자 및 증설투자 모두 공제가능. 단, 의료기관은 중소기업에 한한다. ②1990.1.1 이후 창업기업 : 중소기업에 한하여 대체투자에 대하여만 공제가능하다.

(나) 수도권과밀억제권역 이외의 지역과 산업단지 및 공업단지 : 의료기관은 중소기업에 한하며 기타 업종은 중소기업 해당여부에 관계없이 대체투자 및 증설투자 모두 공제가능하다.

(다) 의료기관의 임시투자세액공제
①2004년부터는 의료법에 의한 의료기관으로서 중소기업만 공제대상이 된다. 의료기관이란 종합병원, 병원, 치과의원, 한방병원, 요양병원, 의원, 치과의원, 한의원 및 조산원을 말하며, 이중 개인의원, 치과의원 및 한의원은 임시투자세액공제는 적용되나 중소기업특별감면은 적용되지 않는다. ②89.12.31 이전에 수도권과밀억제권역 안에서 창업한 의료기관은 증설투자도 공제가능하며, 90.1.1이후에 창업한 의료기관은 대체투자만 공제가능하다. ③수도권과밀억제권역 이외의 지역과 산업단지 및 공업지역에 있는 의료기관은 창업년도에 관계없이 증설투자 및 대체투자에 대한 공제가 가능하다. ④ 공제대상 자산 : 의료기관이 당해 사업에 주로 사용하는 의료기기로서 렌트겐 또는 전자관을 사용하는 기기, 소독살균용 또는 수술용기기, 조제기기, 치과진료용 유닛트체어, 광학검사기기 등
  ☞ X-Ray, CT, MRI, 생화학분석기, 유방암검사기, 초음파진단기, 골밀도측정기, 혈액분석기, 위장조영촬영기 등
  ☞ 리스로 취득한 자산 중 금융리스로 취득한 자산 만 공제되고, 운용리스로 취득한 자산은  공제대상이 아니다.

(라) 대체투자의 범위
①대체투자란 공장 또는 사업장의 연면적이 증가되지 않거나, 고정자산의 수량이 증가되지 않는 투자를 말한다. 여기서 고정자산은 동일한 용도의 자산을 말하며 다른 용도의 자산이 증가하는 것은 증설투자에 해당된다. ②사업을 개시하면서 투자하는 것은 모두 증설투자에 해당되며, 사업개시 후 기존 사업용자산을 교체할 경우 대체투자에 해당된다. ③ 중고자산을 취득하는 경우에는 공제되지 않는다.
  ☞ 치과의원의 대체투자 적용예(서일-355, 2005.3.31)
  중소기업인 의료업자가 수도권과밀억제권역 안의 투자에 대한 조세감면배제(임시투자세액공제)와 관련하여, 1. 기존사업용자산(X-Ray)의 수량에는 변동이 없으면서 기능이 향상된 동일종류의 사업용자산으로 교체한 것은 조세특례제한법시행령 제124조 제1항의 증설투자에 해당하지 아니하므로 임시투자세액공제 가능한 것이며, 2.기존사업용자산(X-Ray) 1대를 폐기하고 전혀 다른 종류의 사업용자산(유닛체어) 1대를 구입한 것은 수량에는 변동이 없으나 기존사업용자산과 용도 또는 목적이 동일한 자산이 아닌 새로운 투자로 수도권과밀억제권역 안에서의 증설투자에 해당하는 것으로서 임시투자세액공제가 되지 아니하며, 3. 기존에 보유중인 노후된 사업용자산(유닛체어) 1대를 폐기처분하고 동일한 사업용자산(유닛체어) 2대를 새로 취득한 것은 1대는 대체투자로 또 다른 1대는 증설투자로 보아 수량이 증가된 1대에 대해서는 증설투자로 임시투자세액공제가 되지 아니하며, 4. 기존부터 사용해오던 사업용자산(유닛체어) 1대가 있었으나 실수로 장부에 계상하지 못한 상황에서 새로운 동일자산으로 교체한 것은 비록 장부상 수량은 증가하였으나 실제는 수량이 증가하지 않아 당초 장부상 계상하지 않은 사유와 구입사실 입증 및 실제 구입하여 업무에 사용해 온 사실 등이 확인된다면 대체투자로 보아 임시투자세액공제가 가능하며, 5. 기존의 치과의원을 포괄양수하여 신규개업하고 기존사업용자산(유닛체어)을 일정기간 사용 후 고장 등으로 사용해 오던 사업용자산(유닛체어)를 폐기하고 동일한 종류의 사업용자산(유닛체어)로 교체한 것은 수량이 증가하지 않은 대체투자로 임시투자세액공제가 가능한 것임.

(마) 공동사업자의 임시투자세액공제
공동사업장에서 임시투자세액공제 대상 투자를 한 경우에는 공동사업자별 지분에 따라 안분계산한 투자금액에 대하여 각 공동사업자별로 공제한다.

(4) 세무사의 전자신고세액공제
①2004년 중 2004.1.25과 2004.7.25 부가가치세 확정신고, 2004.3.31 법인세과세표준신고 또는 2004.5.31 소득세확정신고를 모두 전자신고한 거래처별 납세자 1인당 1만원을 공제한다. ②면세사업자인 거래처에 대하여는 공제되지 않는다.
③부가가치세와 소득세의 전자신고를 한 세무사가 다른 경우 소득세를 전자신고한 세무사가 공제받는다. ④2004년에는 최저한세가 적용되지 아니하며, 농특세가 비과세되고, 5년간 이월공제된다.
(5) 지급조서에 대한 세액공제(조특법104의5, 조특령 104의2)
①세무사의 지급조서에 대한 세액공제 최소금액 1만원은 ‘거래처별 1만원’이 아니고 ‘세무사(세무법인포함)별 1만원’ 이다.
  ☞ 거래처 100건, 지급조서건수 1000건일 경우 세액공제액 : 100원×1000명=100,000원임.
②근로소득 뿐만 아니라 사업소득ㆍ퇴직소득ㆍ기타소득 및 봉사료수입금액도 공제대상이 된다. ③ ‘지급조서전자제출공제세액명세서’와 ‘지급조서전자제출증사본’을 2005.6.10까지 수동제출하여야 한다. ④최저한세가 적용되지 아니하며, 농특세가 비과세되고, 5년간 이월공제된다.

(6) 투자세액공제와 감면의 중복적용
각종 투자세액공제와 중소기업특별감면 등 조특법상의 감면규정은 중복적용이 되지 아니한다. 그러나 이월된 공제세액과 세액감면은 중복적용이 가능하다. 

(7) 중소기업특별세액감면
①부가가치세법 제32조의 2의 규정에 의한 신용카드의 사용에 따른 세액공제액은 당해 사업에서 발생한 소득이 아니므로 조세특례제한법 제7조의 중소기업특별세액감면대상 소득에 해당하지 아니한다.(서일46011-11427, 2003.10.9) ②직접 건설활동을 수행하지 않고 건설업체에 의뢰하여 주거용ㆍ비주거용건물을 건설하고 이를 분양ㆍ판매하여 한국표준산업분류상 부동산업 중 부동산공급업(7012)으로 분류되는 경우에는 조세특례제한법 제7조의 중소기업특별세액감면을 적용받을 수 없다(서이46012-11585, 2003.9.2). ③조세특례제한법 제7조의 중소기업에 대한 특별세액감면 적용시 당해사업에서 발생한 소득은 감면업종을 영위하는 사업의 소득을 합산해야 하며, 수도권내와 수도권이외의 지역에 사업장이 있는 경우 같은법 제7조 제1항 제2호의 감면비율은 각 사업장을 기준으로 각각 적용한다(서일46011-10977, 2003.7.22).
⑥ 겸업시 업종구분은 주업(수입금액이 큰 업종)을 기준으로 판단하며, 겸업자의 소기업판단은 다음과 같다.
  ⇒ 제조업(8명)과 도매업(5명) 겸영하는 경우
  ㆍ제조업의 수입금액이 많은 경우 ⇒ 소기업(주업종이 제조업이며 총 종업원수(13명)가 100명 미만이므로 소기업에 해당함)
 ㆍ도매업 수입금액이 많은 경우 ⇒ 소기업 아님(주업종이 도매업이며 총 종업원수(13)가 10명 이상이므로 소기업에 해당하지 않음)  
⑦ 관세사업은 물류산업 중 화물운송주선업으로 중소기업특별세액감면 대상 업종으로 사료되나 현재 국세청에서는 공식입장을 보류하고 있다.
⑧ 의료업 중 개인의원, 치과의원 및 한의원은 감면대상에서 제외된다. 

(8) 고용창출형 창업기업에 대한 세액감면
2004.7.26 이후 창업한 사업자부터 감면대상이 된다, 수도권과밀억제권역 내 창업에 대하여도 감면대상이 된다, 다른 세액감면 및 투자세액공제와 중복적용이 배제된다, 최저한세의 적용이 배제된다, 농어촌특별세가 비과세된다, 추계과세시 또는 기장내용이 명백히 허위인 경우에는 감면이 배제된다, 경정시 부당과소신고소득에 대하여 감면이 배제된다.
  
15.  기준경비율 제도
(1) 기준경비율 적용대상자 
기준경비율대상자의 판단은 사업장별로 하는 것이 아니라 기장의무와 마찬가지로 인별로 판단하는 것이므로 2이상 사업장이 있는 경우에는 모든 사업장의 수입금액을 모두 합산(업종이 2이상인 경우에는 주업종 수입금액으로 환산)하여 기준경비율 적용여부를 판단하여야 한다. 따라서 주사업장은 복식부기의무자로서 기장을 하고 일부 사업장을 추계 신고하는 경우 추계신고하는 일부 사업장은 기준경비율에 의하여 추계소득(한도:단순경비율의 1.5배)을 계산하여야 하며, 또한 무신고가산세가 적용된다.   

 (2) 단순경비율 대상자의 기준경비율 신고
단순경비율 적용대상자는 기준경비율에 의하여 추계소득금액을 계산할 수 있다.
  
16. 기장의무 판정시 수입금액의 계산
(1) 직전년도 신규사업자(2003년 개업자)
수입금액을 연간 환산하지 아니하고 당해 사업장의 수입금액 그 자체로 판단한다( 2003년 귀속분까지는 수입금액을 연간으로 환산하였음).

(2) 직전연도(2003년)에 사업의 일부를 폐지한 경우
2이상의 사업장을 가진 사업자가 일부 사업장을 폐업한 경우 및 1개사업장에 2이상의 사업을 겸업하고 있는 사업자가 일부 사업을 폐지한 경우 일부 사업의 폐지 여부와 관계없이 직전연도에 발생한 실제수입금액의 합계액으로 기장의무를 판단한다.(2003년귀속 기장의무 판정 시에는 폐업한 사업의 수입금액은 이를 직전년도수입금액에 포함하지 아니하였다) 

(3) 직전연도에 폐업 후 당해연도에 신규로 사업자등록을 한 경우
사업자등록의 신규, 휴·폐업 및 업종에 관계없이 직전연도 실제 발생 수입금액(겸업 또는 사업장이 2이상인 경우 주업종으로 환산)으로 판단한다.

세무사신문 제 412호(2005. 5. 2)