쟁      점 (1) 조특법 제99조에 의한 ′신축주택의 취득자에 대한 양도세 감면′ 규정 적용시, 청구인이 주택조합원 자격으로 취득하였다가 양도한 쟁점주택의 경우 그 사용승인일이 신축주택취득기간내에 있어야 감면할 수 있는지 여부 (취소)
 
청구번호 2005중0338 결정일자 2005년06월27일 주세목 양도소득세
 
 
심판청구번호 국심2005중 0338(2005.6.27)

주 문

○○○세무서장이 2004.9.20 청구인에게 한 2004년 귀속 양도소득세 17,686,820원의 부과처분은 이를 취소한다.

이 유

1. 처분개요

청구인은 ○○○재건축주택조합의 조합원으로 참여하여 ○○○호 건물 59.885㎡ 및 대지 25.767㎡(이하 "쟁점주택"이라 한다)를 취득하였다가 2004.4.29 양도하고 조세특례제한법 제99조의 규정에 의거 양도소득세를 100% 감면되는 것으로 예정신고를 하였다.

처분청은 조합원이 재건축주택조합으로부터 신축주택을 분양받는 경우 신축주택취득기간(1998.5.22∼1999.12.31) 내에 사용승인 또는 사용검사를 받은 경우에 한하여 감면대상에 해당되는 것이나, 청구인이 분양받은 쟁점주택은 신축주택취득기간이 경과한 2000.10.27 사용승인을 받아 감면대상에 해당되지 않는다고 보아 청구인의 감면신청을 부인하고 2004.9.20 청구인에게 2004년 귀속 양도소득세 17,686,820원을 결정·고지하였다.

청구인은 이에 불복하여 2004.11.3 이의신청을 거쳐 2005.1.7 이 건 심판청구를 제기하였다.

 

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

청구인은 쟁점주택을 조합원자격으로 취득하였고, 동 주택의 사용승인일이 2000.10.27로서 조세특례제한법상 신축주택취득기간(1998.5.22∼1999.12.31)에는 포함되지 아니하나, 일반분양분 181세대는 조세특례제한법 제99조의 신축주택취득기간내에 최초 매매계약을 체결하였다하여 감면대상으로 판단하고서도 조합원자격으로 취득한 쟁점주택에 대하여 감면하지 아니한 처분은 과세형평성에 위배되는 것이므로 쟁점주택의 양도에 대하여도 일반 분양분처럼 양도소득세를 감면하여야 한다.

나. 처분청 의견

조합원 분양분과 일반 분양분이 함께 있는 재개발·재건축주택조합의 신축주택으로서 주택조합이 일반 분양자와 신축주택취득기간 내에 일반 분양분 주택에 대한 매매계약을 체결하고 계약금을 납부받은 사실이 있는 경우, 조합원 분양분 신축주택은 주택건설사업자 등으로부터 취득한 신축주택이 아닌 자기가 건설한 신축주택으로 보아 신축주택취득기간 내에 사용승인 또는 사용검사(임시사용승인포함)를 받은 경우에 한하여 조세특례제한법 제99조 및 제99조의 3 규정에 의한 감면대상에 해당되는 것이고, 쟁점주택의 경우 신축주택취득기간을 경과한 2000.10.27 사용승인을 받았으므로 감면배제하여 과세한 처분은 정당하다.

 

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

조세특례제한법 제99조에 의한 '신축주택의 취득자에 대한 양도소득세 감면' 규정 적용시 청구인이 주택조합원의 자격으로 취득하였다가 양도한 쟁점주택의 경우 그 사용승인일이 신축주택취득기간내에 있어야 감면할 수 있는 것인지 여부

나. 관련법령

조세특례제한법 제99조【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 감면】① 거주자(주택건설사업자를 제외한다)가 다음 각호의 1에 해당하는 신축주택(이에 부수되는 당해 건물의 연면적의 2배 이내의 토지를 포함한다. 이하 이 조에서 같다)을 취득하여 그 취득한 날부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면하며, 당해 신축주택을 취득한 날부터 5년이 경과한 후에 양도하는 경우에는 당해 신축주택을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 차감한다. 다만, 신축주택이 소득세법 제89조 제3호의 규정에 의하여 양도소득세의 비과세대상에서 제외되는 고가주택에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다.

1. 자기가 건설한 주택(주택법에 의한 주택조합 또는 도시 및 주거환경정비법에 의한 정비사업조합을 통하여 조합원이 취득하는 주택을 포함한다)으로서 1998년 5월 22일부터 1999년 6월 30일까지의 기간(국민주택의 경우에는 1998년 5월 22일부터 1999년 12월 31일까지로 한다. 이하 이 조에서“신축주택취득기간”이라 한다)사이에 사용승인 또는 사용검사(임시사용승인을 포함한다)를 받은 주택

2. 주택건설사업자로부터 취득하는 주택으로서 신축주택취득기간내에 주택건설업자와 최초로 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 자가 취득하는 주택(주택법에 의한 주택조합 또는 도시 및 주거환경정비법에 의한 정비사업조합을 통하여 취득하는 주택으로서 대통령령이 정하는 주택을 포함한다). 다만, 매매계약일 현재 다른 자가 입주한 사실이 있거나 신축주택취득기간 중 대통령령이 정하는 사유에 해당하는 사실이 있는 주택을 제외한다.

조세특례제한법시행령 제99조【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 감면】③ 법 제99조 제1항 제2호에서 “대통령령이 정하는 주택”이라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 주택을 말한다.

1. 주택법에 의한 주택조합 또는 도시 및 주거환경정비법에 의한 정비사업조합(이하 이 조에서 “주택조합 등”이라 한다)이 그 조합원에게 공급하고 남은 주택(이하 이 조에서 “잔여주택”이라 한다)으로서 법 제99조 제1항 제1호의 규정에 의한 신축주택취득기간(이하 이 조에서 "신축주택취득기간" 이라 한다)내에 주택조합 등과 직접 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 자가 취득하는 주택

2. 조합원이 주택조합 등으로부터 취득하는 주택으로서 신축주택취득기간 경과후에 사용승인 또는 사용검사를 받는 주택. 다만, 주택조합 등이 조합원외의 자와 신축주택취득기간내에 잔여주택에 대한 매매계약(매매계약이 다수인 때에는 최초로 체결한 매매계약을 기준으로 한다)을 직접 체결하여 계약금을 납부받은 사실이 있는 경우에 한한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인이 ○○○재건축주택조합의 조합원으로 참여하여 조세특례제한법 제99조의 규정에 의하여 양도소득세의 감면대상기간인 신축주택취득기간(1998.5.22∼1999.12.31)중인 1998.8.11자에 쟁점주택에 대한 취득계약을 체결하고, 2000.10.27. 쟁점주택에 대한 사용승인을 받은 다음 같은해 12.7 쟁점주택에 대하여 보존등기를 한 사실, 2004.4.29 동 주택을 양도한 사실 및 위 재건축주택조합이 조합원에게 분양하고 남은 잔여세대(88세대)를 신축주택취득기간 중인 1998.7.29∼1998.7.30 일반 분양한 사실에 대하여는 다툼이 없다.

(2) ○○○이 각 지방국세청장 등에 통보한 공문(신축주택의 취득자에 대한 양도소득세감면 개정사항 통보, 1999.12.15)을 살펴보면 "IMF 이후 부동산 경기활성화를 위한 세제감면 조치로서 신축주택의 취득자에 대한 양도소득세 감면규정 중 감면대상을 확대 조치한 조세특례제한법 제99조 및 같은법 시행령 제99조의 최근 개정내용을 붙임과 같이 통보하니 종사직원에 대한 교육을 시행하여 업무집행에 착오가 없도록 하기 바랍니다"라는 내용이 기재되어 있고, 붙임 내용(신축주택의 취득자에 대한 양도소득세 감면규정 개정취지)으로는 "국민주택규모 이하의 주택에 대해서는 신축주택 취득기간(1998.5.22∼1999.6.30)을 6개월(1999.7.1∼1999.12.31)연장 하였으며, 종전에는 재건축조합 또는 재개발조합의 조합원이 취득하는 아파트는 자기가 건설한 주택으로 보아 건축공사가 완료된 후 신축주택 취득기간 중에 사용검사 등을 받은 경우에만 감면대상으로 하였으나, 일반분양입주예정자의 경우 취득계약을 체결하고 계약금을 납부하면 감면하도록 하고 있어 과세형평성을 위하여 조합원이 취득하는 주택에 대해서도 일반분양과 같이 하며, 다만, 조합원에게 공급하고 남은 잔여주택을 일반분양한 실적이 있는 경우이어야 하며, 주택신축기간 중에 주택조합 등이 조합원외의 자와 최초의 일반분양계약이 체결된 시기를 기준으로 하여 조합원이 취득한 주택도 일반분양과 같이 아파트 완공에 관계없이 감면대상으로 함"으로 기재되어 있는 사실을 확인할 수 있다.

(3) 한편, 처분청이 제시하는 쟁점주택에 대한 ○○○재건축주택조합의 청산조서(공급계약서)에 의하면 청구인이 쟁점주택을 위 주택조합으로부터 125,256천원에 분양받아 조합원 지분금액 76,985천원을 차감한 48,271천원을 부담금으로 추가 납부하기로 한 사실이 나타나고, 동 부담금 48,271천원중 계약금 4,827,100원을 계약시, 1차 중도금 6,434,524원을 1998.11.9에 납부하고, 2차∼6차 중도금을 2000.6.9까지 납부하며, 입주예정일 나머지 잔금 4,836,756원을 납부하기로 되어 있는 사실을 확인할 수 있다.

(4) 그리고, ○○○지방국세청장이 처분청에 시달한 공문(양도소득세 관련 ○○○ 예규 시달)을 살펴보면 "재개발·재건축 조합주택에 대한 조세특례제한법 제99조·제99조의3의 규정(신축주택 취득자에 대한 양도소득세 과세특례) 적용방법에 대한 ○○○ 예규를 시달하니 업무집행에 만전을 기하시기 바랍니다"라는 내용이 기재되어 있고, ○○○ 예규○○○ 요약 내용으로 "조합원분양분과 일반분양분이 함께 있는 재개발·재건축 주택조합의 신축주택으로서 주택조합 등이 일반분양자와 신축주택취득기간내에 일반분양분 주택에 대한 매매계약을 직접 체결·계약금을 납부받은 사실이 있는 경우라도 조합원 분양분 신축주택은 신축주택취득기간 내에 사용승인 또는 사용검사(임시사용승인 포함)가 이루어져야 조세특례제한법 제99조·제99조의 3 규정에 의한 감면대상 신축주택에 해당되는 것임"이라는 내용이 기재되어 있는 사실을 확인할 수 있다.

(5) 위와 같은 사실관계 하에서 처분청은 청구인이 쟁점주택을 재건축조합의 조합원자격으로 취득한 것이고, 조합원자격으로 취득한 경우 신축주택취득기간 중에 사용승인을 받아야 하나 그 기간을 경과한 2000.10.27 쟁점주택에 대한 사용승인을 받았다고 하여 위 ○○○지방국세청장의 공문에 근거하여 청구인의 양도소득세 감면신청을 배제하고 이 건 양도소득세를 과세하였고, 청구인은 관련법령인 조세특례제한법시행령 제99조 제3항 제2호의 신설개정으로 조합원이 주택조합 등으로부터 취득하는 주택으로서 신축주택취득기간 경과 후에 사용승인 또는 사용검사를 받은 주택에 대하여도 감면대상으로 보아야 한다고 주장하고 있어 이를 살펴본다.

(6) 신축주택취득자에 대한 양도소득세의 감면에 대하여 규정한 조세특례제한법 제99조 및 같은법시행령 제99조의 규정을 살펴보면, 동규정의 최초신설시(1998.9.16)에는 주택조합으로부터 조합원이 주택을 취득하는 경우 자기가 건설하는 주택으로 보아 신축주택취득기간내에 사용승인을 받은 경우에만 감면대상으로 보았으나, 1999.8.31 개정시 조세특례제한법 제99조 제1항 제2호를 개정하여 "주택건설촉진법에 의한 주택조합 또는 도시재개발법에 의한 재개발조합을 통하여 취득하는 주택으로서 대통령이 정하는 주택을 포함한다"를 삽입하였고, 같은법시행령 제99조 제3항 제2호에 "조합원이 주택조합등으로부터 취득하는 주택으로서 신축주택취득기간 경과후에 사용승인 등을 받은 주택. 다만, 신축주택취득기간내에 일반분양이 있는 경우에 한하여 적용됨"이라는 규정을 신설하여 주택조합등으로부터 주택을 취득하는 조합원의 경우에도 일반분양자와 동일하게 신축주택취득기간 경과후에 사용승인을 받은 경우에는 감면대상으로 관련법령을 개정한 사실을 확인할 수 있다. 즉, 종전에는 재건축조합 또는 재개발조합의 조합원이 취득하는 아파트는 자기가 건설한 주택으로 보아 건축공사가 완료된 후 신축주택 취득기간 중에 사용검사 등을 받은 경우에만 감면대상으로 하였으나, 일반분양입주예정자의 경우 취득계약을 체결하고 계약금을 납부하면 위 감면조항이 적용되는 것과 비교하여 과세형평성에 문제가 있어 조합원이 취득하는 주택에 대해서도 일반분양과 같이 감면 범위를 조정한 것으로 판단된다. 또한 이러한 점은 ○○○이 각 지방국세청장 등에게 하달한 "신축주택의 취득자에 대한 양도세감면 개정사항 통보" 공문(1999.12.15)에 의하여도 명백히 확인됨을 알 수 있다.

(7) 따라서 이 건의 경우 재개발조합으로부터 조합원자격으로 쟁점주택을 취득하여 신축주택취득기간을 경과한 후에 사용승인을 받았다고 하더라도 관련법령의 개정으로 조세특례제한법 제99조 제1항 제2호 및 같은법시행령 제99조 제3항 제2호의 규정에 의하여 양도소득세의 감면대상에 해당하는 것으로 보는 것이 타당하다고 판단된다.

 

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유있다고 판단되므로 국세기본법 제81조와 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.