쟁      점 (1) 2002.12.31 이전에 종전주택(24평형)이 공사착수되어 2003.5.10 사용승인을 받고 2004.10.8 쟁점주택○○○을 7억원에 양도한 경우, 처분청은 쟁점주택 양도당시 2002.12.28 개정된 법에 의하면 쟁점주택이 고가주택이므로 신축주택의 양도소득세특례대상이 아니라고 보았으나, 개정법의 부칙에 의하면 쟁점주택의 양도는 종전 조특법 제99조의 3 규정을 적용하는 것으로 쟁점주택이 종전법에 의한 고급주택이 아니므로 쟁점주택의 양도에 대하여 "신축주택의 양도소득세 특례규정"을 적용하여 양도소득세를 감면하여야 한다는 청구주장의 당부 (취소)
 
청구번호 2005서2720 결정일자 2005년10월25일 주세목 양도소득세
 
 
심판청구번호 국심2005서 2720(2005.10.25)

주 문

○○○세무서장이 청구인의 2005.4.15.자 양도소득세 6,435,810원의 환급 경정청구를 2005.7.7. 거부한 처분은 이를 취소한다.

이 유

1. 처분개요

청구인은 1985.6.28. ○○○호를 취득하였고, 이 아파트는 1999.6.3.에 주택건설촉진법에 의한 재건축 사업계획승인을 받아 2000.3.16.에 재건축 공사에 착공하여 2003.5.10.에 사용승인을 받았으며, 청구인은 재건축이 완료된 ○○○호(전용면적 112.73㎡로 이하 "쟁점아파트"라 한다)를 분양받아 2004.10.8. 쟁점아파트를 7억원에 양도하고 2004.12.30. 양도소득세 신고를 하면서 산출세액 8,274,610원을 납부한 후, 2005.4.15. 구 조세특례제한법 제99조의 3에 의한 양도소득세 감면대상이라 하여 농어촌특별세 1,838,800원을 제외한 6,435,810원을 환급하여 달라고 처분청에 경정청구를 하였다.

처분청은 청구인의 경정청구에 대하여 양도가액 7억원으로 소득세법 제89조 제3호 및 동법시행령 156조에 규정하는 고가주택에 해당한다 하여 2005.7.7. 청구인에게 양도소득세를 환급할 수 없다고 통지하였다.

청구인은 이에 불복하여 2005.7.19. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

쟁점아파트는 조세특례제한법 제99조의 3 제1항 제2호의 규정에 의한 신축주택으로서 2003.1.1. 이전에 착공하여 2003.6.30. 이전에 사용승인을 받았으므로 양도소득세 감면대상이고, 쟁점아파트는 2002.12.30. 개정 후 조세특례제한법 제99조의 3 제1항의 고가주택에는 해당하나, 전용면적 149㎡ 미만이므로 개정 전 조세특례제한법 제99조의 3 제1항의 고급주택에 해당하지 아니하므로 같은 법 부칙 제29조 제1항의 규정에 의하여 양도소득세 감면대상임에도 청구인의 경정청구를 받아들이지 아니한 처분은 부당하다.

나. 처분청 의견

조세특례제한법 제99조의 3 제1항에 의하면 당해 신축주택이 소득세법 제89조 제3호의 규정에 의하여 양도소득세의 비과세대상에서 제외되는 고가주택에 해당하는 경우에는 감면대상이 아니라고 규정하고 있으며, 재경부 예규(재재산-414, 2004.3.31.) 또한 2002.12.11. 개정 조세특례제한법 부칙 제29조의 제2항의 규정을 적용함에 있어서 당해 신축주택이 2002.12.30. 개정 소득세법시행령 제156조에서 규정하고 있는 고가주택에 해당하는 경우에는 종전의 규정에 의한 신축주택 취득자에 대한 양도소득세 과세특례가 적용되지 아니한다고 해석한 바 있으므로 쟁점주택의 양도에 대하여 양도소득세 감면을 배제한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

조세특례제한법 제99조의 3 제1항 제2호의 규정에 의한 신축주택으로서 동 주택이 2002.12.31. 이전에 착공되고 2003.6.30.이전 사용승인받은 경우 같은 법 부칙 제29조 제2항 규정에 의하여 양도소득세 과세특례를 적용받을 수 있는지 여부

나. 관련법령

(1) 소득세법 제89조(2002.12.18. 법률 제6781호로